离子液体动力学模拟itp文件中的原子电荷需要用multiwfn中CM*1.2算出的替换吗

马天湉 · 发表于 Post on 2023-9-16 16:16:49

请问各位老师：分子动力学模拟过程用此方法{在浏览器中打开LigParGen（http://zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/），将以上三种单体的mol文件提交给LigParGen，并在molecule charge选项中选择电荷，之后点击submit Molecule选项，进入下载界面后，选择GROMACS中的top选项进行下载，即可得到一种单体的itp文件；}获得的itp文件中原子电荷需要用multiwfn中CM*1.2计算出的电荷手动替换吗？电荷是否会影响后续模拟过程以及结果分析？

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-9-16 20:55:36

OPLS-2009IL和CL&P这些离子液体力场的电荷就是调好的，没有必要自己去修改，只会影响精度。文献里面倒是有整体乘以一个0.8的系数来修正极化效应的做法。

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-16 23:18:53

如果你研究的离子液体在现成的离子液体力场里面是已经定义了的，就直接用力场里定义的原子电荷。如果是新的离子液体，需要自己算原子电荷，但注意1.2*CM5原子电荷没法用于离子体系，否则净电荷的绝对值都大于1了。可以尝试考虑用Multiwfn按《RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算》（
http://sobereva.com/531）说的算RESP2(0.5)电荷，或者参考主流的离子液体文章里的获得原子电荷的方法

马天湉 · 发表于 Post on 2023-10-19 09:58:35

sobereva 发表于 2023-9-16 23:18
如果你研究的离子液体在现成的离子液体力场里面是已经定义了的，就直接用力场里定义的原子电荷。如果是新的 ...

老师，我看适合结合oplsaa力场的是1.2*CM5，我就是用这个力场做的离子液体与dmso的模拟，oplsaa力场可以用您说的RESP2（0.5）替换电荷吗？

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-20 08:07:06

马天湉发表于 2023-10-19 09:58
老师，我看适合结合oplsaa力场的是1.2*CM5，我就是用这个力场做的离子液体与dmso的模拟，oplsaa力场可以 ...

可以

马天湉 · 发表于 Post on 2023-10-21 09:04:23

sobereva 发表于 2023-10-20 08:07
可以

老师‘，请问在oplsaa力场下做离子液体和dmso（512对/512）动力学模拟，对单个结构优化后保存为pdb文件，将pdb文件提交给LigParGen获得itp文件，建了10nm的立方体盒子进行了能量极小化但跑动力学之前出现系统总电荷不为0的情况，我用RESP2（0.5）替换了电荷，系统总电荷为0，且没有任何警告，跑了10ns之后对其相互作用能进行分析，发现dmso分子间相互作用是正值58.48（分子间相互作用应该是吸引的），请问您知道我是哪一步分析错了吗？模拟密度是1.01882g/cm3 实验密度是1.068g/cm3 ；而且我换了amber力场后，用sobtop生成itp文件用的RESP电荷在一样大小的盒子和mdp文件下跑了10ns，分子间相互作用能为58.75，模拟密度是1.02938g/cm3 还是与实验密度不符合，请您指点一下

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-22 00:12:18

马天湉发表于 2023-10-21 09:04
老师‘，请问在oplsaa力场下做离子液体和dmso（512对/512）动力学模拟，对单个结构优化后保存为pdb文件 ...

本来当前原子电荷、LJ参数等就不是专门为了模拟当前离子液体的密度而优化的，不要指望结果能超级吻合实验值

不用管相互作用能是正是负，跟你当前问题没直接关系，而且这本身牵扯到具体计算细节，没细节讨论这个没意义

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