求助计算在显式溶剂模型中计算碱基对中单个碱基与金属离子之间的相互作用能

Wxy1998 · 发表于 Post on 2023-9-17 17:53:50

请问，我的体系为腺嘌呤和核酸碱基，胸腺嘧啶核酸碱基，钠离子，以及水分子（n=1-6）。请问在该体系下如何计算腺嘌呤与钠离子之间的相互作用能？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-9-17 18:11:30

在这个论坛搜结合能，然后找其中讲水溶液里离子和分子作用的结合能的计算方法的帖子，有一大堆

Wxy1998 · 发表于 Post on 2023-9-17 20:11:36

wzkchem5 发表于 2023-9-17 18:11
在这个论坛搜结合能，然后找其中讲水溶液里离子和分子作用的结合能的计算方法的帖子，有一大堆

谢谢您的回复

Wxy1998 · 发表于 Post on 2023-9-19 10:52:49

wzkchem5 发表于 2023-9-17 18:11
在这个论坛搜结合能，然后找其中讲水溶液里离子和分子作用的结合能的计算方法的帖子，有一大堆

您好，wzk老师，我使用如图方法，将腺嘌呤看作A，钠离子看作B，胸腺嘧啶和水分子看作C进行了计算，但是得到的数据整理后和拓扑分析的变化规律不一致，请问是分组错误了吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-9-19 16:52:00

Wxy1998 发表于 2023-9-19 03:52
您好，wzk老师，我使用如图方法，将腺嘌呤看作A，钠离子看作B，胸腺嘧啶和水分子看作C进行了计算，但是得 ...

拓扑分析的结果本来就不是完全可靠，当和结合能计算结果矛盾时，以结合能为准

Wxy1998 · 发表于 Post on 2023-9-20 19:22:03

wzkchem5 发表于 2023-9-19 16:52
拓扑分析的结果本来就不是完全可靠，当和结合能计算结果矛盾时，以结合能为准

好的谢谢

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[综合交流] 求助计算在显式溶剂模型中计算碱基对中单个碱基与金属离子之间的相互作用能