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[GROMACS] MD模拟计算CO2溶解度,怎么获得CO2浓度曲线

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请问一下想要通过MD模拟计算CO2溶解度,查看文献在一篇醇胺溶液吸收CO2文献里面发现了方法,但是他的CO2浓度曲线不是很理解,想问一下可以通过什么方法获得

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发表于 Post on 2023-9-18 19:33:07 | 只看该作者 Only view this author
看文献里用的什么模型
MD跑完后CO2在体系不同截面的分布曲线可以用gmx density得到
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-22 11:00:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-18 19:33
看文献里用的什么模型
MD跑完后CO2在体系不同截面的分布曲线可以用gmx density得到

嗯嗯,谢谢sob老师,我看了相关数密度的帖子,理解了。论文里采用的是MS下的COMPASS力场,对象是醇胺溶液吸收CO2,如果我的对象是离子液体吸收CO2,离子液体力场采用gaff,CO2采用PME是否也同样可行了

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发表于 Post on 2023-9-23 05:24:56 | 只看该作者 Only view this author
qjy111 发表于 2023-9-22 11:00
嗯嗯,谢谢sob老师,我看了相关数密度的帖子,理解了。论文里采用的是MS下的COMPASS力场,对象是醇胺溶液 ...

PME指代不明。EPM2那是另一码事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-6-16 10:49:20 | 只看该作者 Only view this author
你好 相关论文可以分享一下吗 最近刚入学 后续可能会做相关工作

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