氯仿盒子跑平衡时出现“没有原子154角度参数”的问题

zhaoxin · 发表于 Post on 2016-9-2 08:37:36

本帖最后由 zhaoxin 于 2016-9-5 18:52 编辑

在对建立的三氯甲烷盒子跑平衡时，出现了“没有原子1 5 4角度参数”的问题，但是在topper文件里面是有这个的，而且psf文件里也有的，请问大神这是因为什么，怎么修改继续跑平衡呢？

fhh2626 · 发表于 Post on 2016-9-4 11:28:51

top和psf文件都不是参数文件，文件名为prm的才是，这个错误说明prm里面没有这一项

另外charmm官方力场没有氯仿参数，你自己找参数的话要确认其正确性

zhaoxin · 发表于 Post on 2016-9-5 09:03:19

fhh2626 发表于 2016-9-4 11:28
top和psf文件都不是参数文件，文件名为prm的才是，这个错误说明prm里面没有这一项

另外charmm官方力场没 ...

可是我的文件里确实有参数啊，这个toppar文件是我下载的，里面是有各种参数的吧，我可以传上来你帮我看看吗，谢谢

fhh2626 · 发表于 Post on 2016-9-5 10:44:27

zhaoxin 发表于 2016-9-5 09:03
可是我的文件里确实有参数啊，这个toppar文件是我下载的，里面是有各种参数的吧，我可以传上来你帮我看看 ...

你把所有文件都传上来我看一眼吧

zhaoxin · 发表于 Post on 2016-9-5 18:37:44

fhh2626 发表于 2016-9-5 10:44
你把所有文件都传上来我看一眼吧

好的，麻烦你了

zhaoxin · 发表于 Post on 2016-9-5 18:39:22

我已经把所有文件都上传了，麻烦你帮我看看，万分感谢

fhh2626 · 发表于 Post on 2016-9-6 01:07:39

zhaoxin 发表于 2016-9-5 18:39
我已经把所有文件都上传了，麻烦你帮我看看，万分感谢

把pdb_to_psf.tcl里面的regenerate angles dihedrals去掉应该就可以了

这句话用猜想的角度覆盖了top文件里面的角度，经常会出现错误（尤其是在这种有刚性虚拟键的情况下）

zhaoxin · 发表于 Post on 2016-9-6 08:29:11

好的，我试试看，谢谢您啦

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[NAMD] 氯仿盒子跑平衡时出现“没有原子154角度参数”的问题