求助：计算背景电荷时泛函如何进行选择

Priscilla

如题，在http://sobereva.com/579中sob老师采取了b3lyp/tzvp或b3lyp/def2tzvp的级别对20原子的体系进行计算，我做的体系是一个含过渡金属Cu的228原子的配合物体系，计算机52核180GB内存，考虑到弱相互作用就模仿结构优化的级别采取pbe1pbe/def2tzvp em=gd3bj是否合理？计算过程发现log文件输出实际用核降低到了18这是什么原因呢，向各位老师请教这些问题。

补充：计算报错，GetVDW:  no radius for atom 111 atomic number  29
文件中为什么没有ESP电荷的数据，只有Mulliken电荷？

snljty2

贴你的输入文件，至少前4行，不然第二个真的没法回答。

Priscilla

snljty2 发表于 2023-9-19 22:10
贴你的输入文件，至少前4行，不然第二个真的没法回答。

%nproc=52
%mem=180GB
%chk=/home/liuyongsheng/yip/Gaussian/Gaussian_f1/f1.chk
#p pbe1pbe/def2tzvp em=gd3bj pop=chelpg nosymm

generated by VMD

0 1
C                 76.32100000   13.91500000   20.62700000
C                 75.27700000   13.99300000   21.50600000
C                 76.16400000   14.16000000   19.27500000
H                 77.32120000   13.67810000   21.01030000
C                 73.99200000   14.30300000   21.06800000
H                 75.44820000   13.82690000   22.58120000
C                 74.90600000   14.47000000   18.83900000
H                 77.00580000   14.08190000   18.60170000
C                 73.78300000   14.54200000   19.71800000
C                 72.84700000   14.37100000   22.03100000
H                 74.71770000   14.67490000   17.78990000
H                 72.80180000   14.78370000   19.32340000
C                 71.58200000   13.97100000   21.78200000
C                 73.23500000   14.83800000   23.40200000
C                 71.19300000   13.15500000   20.60100000
C                 70.46100000   14.25700000   22.72400000
C                 73.00100000   14.01500000   24.50200000
C                 73.93900000   16.03800000   23.62900000
C                 71.74300000   11.92500000   20.34800000
C                 70.17200000   13.56400000   19.74600000
C                 69.60000000   13.25700000   23.13500000
C                 70.26400000   15.53300000   23.22900000
C                 73.39600000   14.35900000   25.75900000
H                 72.45790000   13.07440000   24.34810000
C                 74.35100000   16.36800000   24.88200000
H                 74.14130000   16.69620000   22.78380000
C                 71.36900000   11.14600000   19.29500000
H                 72.51680000   11.55040000   21.03390000
C                 69.81800000   12.78200000   18.65800000
H                 69.65710000   14.50750000   19.93270000
C                 68.60000000   13.50900000   24.07600000
H                 69.71850000   12.24440000   22.74430000
C                 69.23100000   15.80900000   24.13600000
H                 70.93860000   16.33930000   22.93390000
C                 74.09500000   15.55400000   25.98500000
H                 73.14680000   13.69880000   26.60250000
H                 74.91240000   17.29830000   25.03510000
C                 70.41600000   11.56700000   18.42000000
H                 71.84130000   10.16550000   19.16170000
H                 69.03120000   13.13610000   17.98730000
C                 68.44300000   14.79400000   24.56600000
H                 67.95960000   12.69780000   24.41900000
H                 69.11160000   16.82860000   24.51200000
C                 74.55500000   15.83800000   27.34800000
H                 70.11960000   10.95780000   17.56200000
H                 67.66080000   14.98340000   25.31180000
C                 74.80400000   14.84700000   28.25500000
C                 74.83300000   17.14300000   27.79900000
C                 75.35500000   15.12600000   29.47300000
H                 74.60030000   13.78890000   28.01400000
C                 75.34000000   17.33900000   29.05800000
H                 74.64670000   17.99790000   27.14770000
N                 75.61900000   16.35100000   29.89600000
H                 75.60250000   14.28400000   30.16070000
H                 75.54580000   18.36630000   29.41980000
C                 75.93800000    4.67000000   37.92400000
C                 74.71700000    4.78100000   37.39300000
C                 77.06000000    4.45400000   37.13400000
H                 76.08230000    4.73640000   39.01570000
C                 74.52700000    4.67000000   36.01900000
H                 73.84050000    4.94340000   38.03420000
C                 76.87000000    4.32200000   35.76900000
C                 78.45000000    4.26300000   37.68800000
C                 75.61700000    4.47400000   35.19600000
H                 73.52600000    4.75620000   35.59610000
H                 77.72930000    4.12540000   35.12590000
C                 79.44400000    5.12800000   37.39500000
C                 78.55200000    3.12000000   38.66000000
H                 75.49850000    4.40770000   34.11680000
C                 80.86400000    5.00900000   37.77100000
C                 79.08900000    6.38100000   36.65600000
C                 78.81300000    1.82100000   38.23700000
C                 78.23800000    3.31900000   40.02500000
C                 81.50200000    3.75900000   37.93900000
C                 81.64000000    6.19300000   37.96300000
C                 79.41400000    6.58700000   35.32100000
C                 78.51800000    7.45200000   37.35800000
C                 78.74200000    0.74500000   39.11800000
H                 79.04730000    1.63790000   37.18920000
C                 78.15000000    2.22000000   40.86500000
H                 78.05580000    4.32460000   40.39520000
C                 82.86400000    3.73300000   38.30200000
H                 80.96480000    2.83040000   37.79050000
C                 82.96000000    6.10600000   38.30000000
H                 81.16060000    7.16490000   37.83600000
C                 79.15900000    7.81900000   34.70200000
H                 79.86850000    5.78470000   34.74310000
C                 78.28200000    8.67900000   36.72800000
H                 78.25410000    7.32930000   38.41170000
C                 78.40900000    0.97500000   40.40700000
H                 78.95340000   -0.25970000   38.75180000
H                 77.87370000    2.38640000   41.91530000
C                 83.59900000    4.90700000   38.48600000
H                 83.34470000    2.76590000   38.44900000
H                 83.52850000    7.03460000   38.43900000
C                 78.62200000    8.86800000   35.41900000
H                 79.40350000    7.93180000   33.64750000
H                 77.84940000    9.48800000   37.32440000
H                 78.33860000    0.12510000   41.10360000
H                 84.64600000    4.85760000   38.77230000
C                 78.35700000   10.18700000   34.75400000
C                 77.38900000   11.02300000   35.20700000
C                 79.02100000   10.64200000   33.60000000
C                 77.14400000   12.25700000   34.59800000
H                 76.76930000   10.74980000   36.07070000
C                 78.74900000   11.88400000   33.11600000
H                 79.77260000   10.01040000   33.12470000
N                 77.88200000   12.72000000   33.61500000
H                 76.34820000   12.90090000   35.00820000
H                 79.32000000   12.24960000   32.23580000
C                 71.94700000   18.32700000   39.71400000
C                 71.27300000   18.84200000   40.79200000
C                 73.23200000   18.73600000   39.38800000
H                 71.45910000   17.56400000   39.10240000
C                 71.85300000   19.80300000   41.61000000
H                 70.25270000   18.50200000   41.01190000
C                 73.85100000   19.63300000   40.24100000
C                 73.92800000   18.24600000   38.17000000
C                 73.19200000   20.15400000   41.33800000
C                 71.11800000   20.42300000   42.75300000
H                 74.86990000   19.96750000   40.04190000
C                 73.28300000   17.92400000   37.03400000
C                 75.30400000   18.14500000   38.13800000
H                 73.70010000   20.86100000   42.00130000
C                 70.98200000   21.77800000   42.84800000
C                 70.57300000   19.47400000   43.75500000
C                 73.99400000   17.49300000   35.90500000
H                 72.18760000   17.99440000   36.95710000
C                 75.96700000   17.74100000   36.98900000
H                 75.89460000   18.36610000   39.03660000
C                 70.40900000   22.45900000   44.04700000
C                 71.40600000   22.66400000   41.71600000
C                 71.37100000   18.45700000   44.23400000
C                 69.27200000   19.57600000   44.24100000
N                 75.32900000   17.42100000   35.87400000
H                 73.45670000   17.20190000   34.99130000
H                 77.06810000   17.69720000   36.98580000
C                 69.52800000   23.51400000   43.90800000
C                 70.74200000   22.06600000   45.33400000
C                 70.94800000   22.45600000   40.41800000
C                 72.30700000   23.70800000   41.92100000
C                 70.94000000   17.59700000   45.23600000
H                 72.38340000   18.33460000   43.83440000
C                 68.82900000   18.73300000   45.22400000
H                 68.61520000   20.35490000   43.84690000
C                 68.99500000   24.13700000   44.99500000
H                 69.26050000   23.85120000   42.90080000
C                 70.18600000   22.67500000   46.43300000
H                 71.45230000   21.24370000   45.47570000
C                 71.35100000   23.28500000   39.38400000
H                 70.25700000   21.63490000   40.22020000
C                 72.70200000   24.53100000   40.89800000
H                 72.69210000   23.87340000   42.93320000
C                 69.65100000   17.73500000   45.74800000
H                 71.60170000   16.81670000   45.61190000
H                 67.81290000   18.83770000   45.61020000
C                 69.30800000   23.70500000   46.27500000
H                 68.30590000   24.97390000   44.86530000
H                 70.45500000   22.32520000   47.43450000
C                 72.19900000   24.30100000   39.61700000
H                 70.96460000   23.09810000   38.37590000
H                 73.39740000   25.34850000   41.07470000
H                 69.29080000   17.07660000   46.53490000
H                 68.85750000   24.19590000   47.13840000
H                 72.51630000   24.96020000   38.80470000
C                 84.68700000   25.30600000   29.68300000
C                 84.52400000   25.82700000   30.98900000
C                 83.90500000   25.88000000   28.64200000
H                 85.39220000   24.51480000   29.48380000
C                 83.58500000   26.84600000   31.25300000
H                 85.11390000   25.41920000   31.80640000
C                 83.04800000   26.85000000   28.88600000
H                 84.04380000   25.47650000   27.63410000
C                 82.85800000   27.40200000   30.19500000
C                 83.38100000   27.35900000   32.63100000
H                 82.44080000   27.29110000   28.08640000
H                 82.15410000   28.20990000   30.34930000
C                 83.12300000   26.52600000   33.68200000
C                 83.34700000   28.85700000   32.73200000
C                 82.82400000   25.07800000   33.49600000
C                 83.07500000   27.06300000   35.07500000
C                 82.26600000   29.53300000   33.27400000
C                 84.39500000   29.62200000   32.20500000
C                 82.01400000   24.61600000   32.45600000
C                 83.28000000   24.13400000   34.42300000
C                 84.01400000   27.98600000   35.52700000
C                 82.03500000   26.68600000   35.94400000
C                 82.20500000   30.92200000   33.29800000
H                 81.43720000   28.95880000   33.69770000
C                 84.36100000   30.99300000   32.21800000
H                 85.25270000   29.10240000   31.76920000
C                 81.69400000   23.28400000   32.35800000
H                 81.62670000   25.32230000   31.71640000
C                 82.93400000   22.77100000   34.34800000
H                 83.92110000   24.46560000   35.24280000
C                 83.91900000   28.53000000   36.76400000
H                 84.83430000   28.27290000   34.85820000
C                 81.93900000   27.20800000   37.20700000
H                 81.29940000   25.95850000   35.59220000
C                 83.28600000   31.67000000   32.76200000
H                 81.35080000   31.43370000   33.72630000
H                 85.19590000   31.55880000   31.79690000
C                 82.10700000   22.35900000   33.29600000
H                 81.06300000   22.96040000   31.52020000
H                 83.30510000   22.06950000   35.08940000
C                 82.87100000   28.15800000   37.60200000
H                 84.64900000   29.26450000   37.11140000
H                 81.14030000   26.90400000   37.88190000
H                 83.25110000   32.75460000   32.78180000
C                 81.61100000   20.98700000   33.25000000
H                 82.79320000   28.60940000   38.59220000
C                 81.36100000   20.21200000   34.37500000
C                 81.25900000   20.35700000   32.02800000
C                 80.74900000   18.98200000   34.26100000
H                 81.62910000   20.58410000   35.36640000
C                 80.61300000   19.15200000   32.00400000
H                 81.51330000   20.85410000   31.08970000
N                 80.30500000   18.47200000   33.10400000
H                 80.56260000   18.37440000   35.16460000
H                 80.30360000   18.70030000   31.04390000
Cu                78.82300000   17.05400000   33.03300000
I                 79.02200000   15.35900000   31.02100000
I                 78.73200000   15.88800000   35.36300000
Cu                77.63000000   14.67000000   33.12200000
Cu                76.59500000   16.53500000   31.66800000
I                 76.74200000   18.92900000   32.59200000
Cu                76.41000000   16.82700000   34.25700000
I                 74.95300000   14.88200000   33.16200000

sobereva

基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱
http://sobereva.com/579（http://bbs.keinsci.com/thread-20960-1-1.html）
此文里根本没提到Mulliken电荷

这么大体系def2-TZVP太昂贵，改成def2-SVP。B3LYP可以用

去掉pop=CHELPG，计算完毕后得到fch文件，用Multiwfn算CHELPG电荷（主功能7里选相应选项），让你输入半径的时候用程序默认推荐的。