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[综合交流] 构建一个全原子的脂质双层膜,要求脂膜的X与Y尺寸不能相等,有什么方法?

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大家好,
我想构建一个全原子的脂质双层膜,要求脂膜的X与Y尺寸不能相等,请问有什么方法可以构建?
谢谢大家!

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发表于 Post on 2023-9-21 22:11:47 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “磷脂双层膜构建” 改了,以后务必注意,下次将删帖+扣分处理。

当前问题没体现出与GROMACS有任何直接联系,不要选GROMACS分类。这次给你改了,以后注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-9-21 22:14:32 | 只看该作者 Only view this author
用诸如下文的方法照常构建X和Y相同的,然后用VMD的选择语句恰当切割、相应地修改盒子XY尺寸就完了
生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem
http://sobereva.com/245

要么在GROMACS里用mdp里的deform强制要求盒子Y方向尺寸逐渐变形到期望的长度,而在X方向考虑控压允许长度自发调节
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-22 22:36:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-21 22:11
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的,明白了!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-22 22:39:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-21 22:14
用诸如下文的方法照常构建X和Y相同的,然后用VMD的选择语句恰当切割、相应地修改盒子XY尺寸就完了
生成混 ...

请问在GROMACS里强制Y方向盒子尺寸逐渐变形该怎么设置呢?

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发表于 Post on 2023-9-23 05:39:21 | 只看该作者 Only view this author
Yaozhi_Yang 发表于 2023-9-22 22:39
请问在GROMACS里强制Y方向盒子尺寸逐渐变形该怎么设置呢?

用deform,设置by为你期望的Y方向变形速度即可


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-24 22:10:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-23 05:39
用deform,设置by为你期望的Y方向变形速度即可

谢谢!

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