求助：cp2k进行AIMD模拟，如何判断温度是否合理

liheng · 发表于 Post on 2023-9-21 21:14:22

本帖最后由 liheng 于 2023-9-21 21:46 编辑

我在进行表面吸附的AIMD计算，本来打算前期先跑20ps的预平衡，设置的温度为423K。可是结果温度波动还是很大，如下图（图1：Cs8/O2/H8/Mo80；图2：Cs12/O2/H8/Mo80)。可是我看类似工作的文献中提到跑10ps的预平衡就够了，我都跑了20ps了，感觉还是不行。虽然平均温度（黄色曲线）越来越接近423K，但是每一步的温度振荡还是很剧烈。请问这个如何判断温度到达平衡了呢

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-22 03:02:10

越小的体系，温度波动倾向于越大，没什么必然异常的。本来你当前的体系就挺小

liheng · 发表于 Post on 2023-9-22 09:50:31

sobereva 发表于 2023-9-22 03:02
越小的体系，温度波动倾向于越大，没什么必然异常的。本来你当前的体系就挺小

卢老师，也就是说我现在是可以在当前基础上进行平衡阶段的计算了是吧？将TIMECON由当前的50增加到200？

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-23 05:19:43

liheng 发表于 2023-9-22 09:50
卢老师，也就是说我现在是可以在当前基础上进行平衡阶段的计算了是吧？将TIMECON由当前的50增加到200？

是

200可能有点大，可以用100

liheng · 发表于 Post on 2023-9-23 17:17:18

好的。谢谢卢老师

zukelei · 发表于 Post on 2024-6-25 17:27:48

请问这个平均温度输出是怎么设置的？

1285050231 · 发表于 Post on 2024-9-19 14:51:52

zukelei 发表于 2024-6-25 17:27
请问这个平均温度输出是怎么设置的？

同学，你没有遇到跑第二步温度开始飙升的情况，而且跑了几十步之后一直没法下降。比如我设置298K，但是从第二步开始就6000+K，一直这么高下降不下来。

zukelei · 发表于 Post on 2024-9-19 16:49:28

1285050231 发表于 2024-9-19 14:51
同学，你没有遇到跑第二步温度开始飙升的情况，而且跑了几十步之后一直没法下降。比如我设置298K，但是从 ...

前几千步是这样的，很不平衡

kilig · 发表于 Post on 2024-10-26 17:29:01

1285050231 发表于 2024-9-19 14:51
同学，你没有遇到跑第二步温度开始飙升的情况，而且跑了几十步之后一直没法下降。比如我设置298K，但是从 ...

你好，同学我也遇到类似的问题，而且再往后直接到了60W K，请问一下你这个问题解决了吗？

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2024-10-26 19:43:33

kilig 发表于 2024-10-26 17:29
你好，同学我也遇到类似的问题，而且再往后直接到了60W K，请问一下你这个问题解决了吗？

跑分子动力学之前初始结构和CP2K输入文件是怎么生成的？具体有什么分子和设置？

若体系密度较大、构建初始结构又用的是packmol，因packmol堆积分子时仅考虑空间几何而非更真实的电子结构，产生的结构可能还有偏小的原子间距，计算时就表现出较大斥力和很高温度。在做高密度体系的MD之前先把这样搭建的初始结构跑一下几何优化，这样能量极小化可以消除不合理接触，后续MD更容易控制温度。

ljh123 · 发表于 Post on 7 day ago

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-10-26 19:43
跑分子动力学之前初始结构和CP2K输入文件是怎么生成的？具体有什么分子和设置？

若体系密度较大、构建 ...

请问下老师，我想跑一个水溶液中反应的AIMD。也是用packmol构建的初始结构。跑MD前准备先opt一下，但是发现结构优化一直不收敛，100步了仍然没有收敛的趋势，请问这种情况该怎么处理呢？拿最后一帧先跑AIMD预平衡吗

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[CP2K] 求助：cp2k进行AIMD模拟，如何判断温度是否合理

评分 Rate