求助：modeller建模后的结构中有未折叠区域

zhu2023 · 发表于 Post on 2023-9-22 08:38:01

本帖最后由 zhu2023 于 2023-9-22 08:37 编辑

使用modeller多模板建模蛋白质结构，得到的结构（如图）中有一长条尾巴（未折叠区域），想请问一下大家这种情况应该怎么解决？
PS：尝试过将未折叠区域氨基酸残基序列提取出来，使用Swiss-model搜索同源结构，得到1个模板，重新建模后仍然无效。（或者能直接将这一区域截掉吗？）

zhu2023 · 发表于 Post on 2023-9-22 10:52:44

已解决，谢谢大家

c00jsw00 · 发表于 Post on 2023-9-22 13:58:27

因為templet 沒有尾端random coild 的結構..兄臺怎麼不使用alphafold etc ?

zhu2023 · 发表于 Post on 2023-9-23 14:52:34

c00jsw00 发表于 2023-9-22 13:58
因為templet 沒有尾端random coild 的結構..兄臺怎麼不使用alphafold etc ?

尝试过alphafold，但是也没有正确折叠

c00jsw00 · 发表于 Post on 2023-9-25 09:35:36

不然妳就需要先將尾端(C OR N)的 sequence 放到alphafold 看看結構大體上是? 之後可以自己接起來這樣應該比較正確...
不過你怎麼知道不對?你有xray 3D structure?

MilesYYh · 发表于 Post on 2024-5-17 18:25:23

虽然问题已解决，如若AF2的结果也不好，我这里提供自己的一个思路，对于那一段杂乱无序的结构，可以将其对应的氨基酸序列单独拿出来，利用trRosetta预测其结构，再把这个结构的pdb文件手动复制到另一个pdb上（暴力拼接），此拼接过程需要三维坐标系的一致（即要先做align）

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-5-17 18:58:15

很多蛋白里本来就有IDR，这些IDR的结构一般是在PPI中受另一个蛋白影响才能折叠的，所以有coil并不能说就是错，除非你有原位的Cryo-TE或者(in cell)NMR证据

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