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[GROMACS] 关于同个体系下不同回转半径分析方法的问题

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Level 4 (黑子)

老师,我模拟了不同温度下的两个长链烷烃体系,一个结晶一个未结晶,想用回转半径作为md平衡和结晶的依据。但现在碰到了一些问题:在用回转半径判断md平衡和结晶时,应该用哪个命令呢,我先用-p,得出整个体系的曲线,但在加了-nmol之后,曲线差异怎么变得这么大。
如果回转半径不能作为md平衡和结晶的依据,那应该用哪个参数呢。
下图为两个温度的四个命令对应的曲线。



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