求助：用Multiwfn建立cp2k的结构优化输入文件后模型z方向高度减小了

卡卡西永恒

各位老师好，我使用Multiwfn建立了cp2k的结构优化输入文件，模型是γAl2O3(110)的slab模型，cif文件中z方向总长度为26.7219，但是inp文件中却成了21.44378789，这是为什么呀

具体设置为设置k点3,3,1，设置任务优化结构(晶胞尺寸不变)，设置XY周期性，设置色散校正DFT-D3(BJ)，固定下面两层原子，其他参数默认。

sobereva

Multiwfn创建二维周期性计算输入文件时Z方向尺寸自动设置成合适的值，保证真空区够大又避免浪费

参考北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）的ppt：

123wo

兄弟你这晶面构建出来的和文献基本上对不上，我怀疑是哪个地方需要调整，Digne模型直接切出来就是这种不合理的结构

123wo

“The crystallographic information file (CIF) for the unit cell model of Digne et al.65 was sourced from the template by Herráez, modified by Gutow.66 It is worth mentioning that the “[110]” and “[100]” terminations as described by Digne et al. are found at the [100] and [001] surfaces of their unit cell model, respectively. This is because the atomic lattice of the Digne et al. model is rotated by 45°, relative to a conventional face-centered-cubic (FCC) crystallographic unit cell. This rotation becomes apparent from the visual mismatch that occurs when attempting to find the [110] and [100] faces shown in literature diagrams19,21−24 at the corresponding conventional positions on the unit cell model.”Digne的默认模型对应的所谓（110）和(100)晶面实际上是它用（100）和（001）晶面切出来的，因为存在一个原子坐标相比原始的FCC晶胞旋转45度的问题，这个坑已经害了好多人了，从2015年就有人在各种论坛发问，下面的回复都没有解决。

123wo

所以你构建的模型是错误的

卡卡西永恒

123wo 发表于 2023-10-18 14:28
“The crystallographic information file (CIF) for the unit cell model of Digne et al.65 was sourced  ...

嗯嗯，我也是后来才发现，我用MS切100面，就可以认为是γAl2O3的110面了吧，还有您这段话是出自哪篇文章的呀

123wo

卡卡西永恒 发表于 2023-10-20 01:07
嗯嗯，我也是后来才发现，我用MS切100面，就可以认为是γAl2O3的110面了吧，还有您这段话是出自哪篇文章 ...

不用说您，你等级比我高，是这篇：Hydration Structures on γ‑Alumina Surfaces With and Without
Electrolytes Probed by Atomistic Molecular Dynamics Simulations。希望对你有帮助

ultramanm87

sobereva 发表于 2023-9-25 01:42
Multiwfn创建二维周期性计算输入文件时Z方向尺寸自动设置成合适的值，保证真空区够大又避免浪费

参考北 ...

请问sob老师，原先晶胞为     
      A    14.40500000     0.00000000     0.00000000
      B    -7.30603977    12.54799517     0.00000000
      C     -9.430913       1.129366          33.375767
设置XY周期性后变为：
      A    14.40500000     0.00000000     0.00000000
      B    -7.30603977    12.54799517     0.00000000
      C     0.00000000     0.00000000    27.60477148
是对夹角也做了变换吗吗？

sobereva

ultramanm87 发表于 2024-2-3 13:33
请问sob老师，原先晶胞为     
      A    14.40500000     0.00000000     0.00000000
      B    -7. ...

Multiwfn用二维周期性时会直接令c方向平行于z来定义盒子