求助：使用什么方法可以研究氢键形成位点

limen · 发表于 Post on 2023-9-25 09:58:52

本帖最后由 limen 于 2023-9-25 11:05 编辑

请教各位老师，有没有一种方法可以对氢键的形成位点进行研究？比如说在构建硝酸羟胺分子模型时，不知道羟胺和硝酸以什么构型存在，以什么方式结合的。

搜索而知硝酸羟胺为一种离子液体，以氢键的方式结合，但是其上有多个结合点，不知道怎么计算出最优构型。

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-25 10:52:03

在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

起码把体系特征、研究目的说清楚

limen · 发表于 Post on 2023-9-25 11:06:02

sobereva 发表于 2023-9-25 10:52
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http:// ...

老师，已改正。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-9-25 16:04:30

最靠谱的方法是做构象搜索
比这个快很多、但可靠程度也低很多的做法是用静电势预测

limen · 发表于 Post on 2023-9-25 20:40:47

wzkchem5 发表于 2023-9-25 16:04
最靠谱的方法是做构象搜索
比这个快很多、但可靠程度也低很多的做法是用静电势预测

谢谢，老师

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-26 07:35:06

如果你就考察硝酸和羟胺在真空下结合，最严格的是用molclus+genmer做二聚体构型搜索，然后看自由能最低的结构里哪有氢键
Molclus主页
http://www.keinsci.com/research/molclus.html

使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159

用单分子表面静电势预测也可以，可以直接判断哪里是较强的氢键给体和氢键受体位点。根据这些信息，手动摆出靠谱的初猜结构，然后进一步几何优化予以验证。参考
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）

如果你是考察它俩构成的液态中的结构，需要跑分子动力学模拟，然后对轨迹做统计分析，比如空间分布函数、rdf、氢键键长和键角分布、aNCI（《使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用》http://sobereva.com/186）之类

limen · 发表于 Post on 2023-9-26 09:46:46

sobereva 发表于 2023-9-26 07:35
如果你就考察硝酸和羟胺在真空下结合，最严格的是用molclus+genmer做二聚体构型搜索，然后看自由能最低的结 ...

谢谢，老师！

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