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[其它程序] 使用newton-x结合gaussian09做 动力学模拟出错

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发表于 2016-9-4 17:29:47 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位坛友,使用newton-x结合gaussian09做激发态动力学模拟,生成trajectories后,在TRAJ1中运行$NX/moldyn.pl > moldyn.log & 这个命令,计算了一段时间后出错,错误信息见下图,麻烦有经验的社友指点一下该如何解决???(分子构型,方法和基组都是和教程里一样的)Etot_drift是什么意思??怎么增加Etot_drift??
QQ截图20160904092821.jpg

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发表于 2016-9-6 00:44:14 | 显示全部楼层
我没亲自用过这程序,Etot_drift应当是模拟过程中总能量变化,太大的话说明模拟过程中体系能量保守性差,可能有问题。

手册里应该有讲怎么改这参数。

提示里也给出了解决方法,要么增大这个值,要么减小模拟步长(这可以让能量保守型更好)。也可能计算级别选得不合理所致。
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 楼主| 发表于 2016-9-6 21:59:38 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2016-9-6 00:44
我没亲自用过这程序,Etot_drift应当是模拟过程中总能量变化,太大的话说明模拟过程中体系能量保守性差,可 ...

减小模拟步长我已经试过了,还是一样的错误。

计算级别已经足够了,跟手册要求的一样,结构是噻吩环,用的wb97xd/6-31g*

Etot_drift这个东西手册里也没有说怎么改,设置里也没提到,所以才不知道怎么整。

老师您认识用过这个软件的大神不??我想请教一下

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发表于 2016-9-7 05:40:10 | 显示全部楼层
旺旺雪饼 发表于 2016-9-6 21:59
减小模拟步长我已经试过了,还是一样的错误。

计算级别已经足够了,跟手册要求的一样,结构是噻吩环, ...

这属于小众向程序,小众向程序建议直接问作者
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
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 楼主| 发表于 2016-9-7 09:27:12 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2016-9-7 05:40
这属于小众向程序,小众向程序建议直接问作者

给作者发过好多次邮件了,从没收到过回复。。。。。

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发表于 2016-10-5 16:50:26 | 显示全部楼层
运行$NX/moldyn.pl > moldyn.log &根本没有反应是什么原因呢?

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 楼主| 发表于 2016-10-8 17:39:15 | 显示全部楼层
遗忘爱神 发表于 2016-10-5 16:50
运行$NX/moldyn.pl > moldyn.log &根本没有反应是什么原因呢?

可能trajectories生成有问题,你得到的trajectories文件跟教程里的一样吗?

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发表于 2016-10-8 20:15:45 | 显示全部楼层
旺旺雪饼 发表于 2016-10-8 17:39
可能trajectories生成有问题,你得到的trajectories文件跟教程里的一样吗?

不一样啊,我只能得到19个文件,根本得不到教程说的190多。

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 楼主| 发表于 2016-10-8 22:11:02 | 显示全部楼层
遗忘爱神 发表于 2016-10-8 20:15
不一样啊,我只能得到19个文件,根本得不到教程说的190多。

我也只得到了三十多个,只要文件里面的东西跟教程一样就行

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发表于 2016-10-8 23:30:30 | 显示全部楼层
旺旺雪饼 发表于 2016-10-8 22:11
我也只得到了三十多个,只要文件里面的东西跟教程一样就行

但是教程中提出来的问题(Etot_drift和步长),你最后是怎么解决的呢?

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 楼主| 发表于 2016-10-9 08:41:48 | 显示全部楼层
遗忘爱神 发表于 2016-10-8 23:30
但是教程中提出来的问题(Etot_drift和步长),你最后是怎么解决的呢?

减小dt,增加Etot_drift都试了,没能解决,现在还不知道为什么

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发表于 2018-6-21 15:00:36 | 显示全部楼层
最终解决了吗,也遇到了这个问题

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 楼主| 发表于 2018-7-8 14:52:07 | 显示全部楼层
Amiswen 发表于 2018-6-21 15:00
最终解决了吗,也遇到了这个问题

最终应该是解决了,但是时间太久了,记不清怎么解决的了。

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发表于 2018-7-10 21:26:39 | 显示全部楼层
旺旺雪饼 发表于 2018-7-8 14:52
最终应该是解决了,但是时间太久了,记不清怎么解决的了。

我遇到同样的问题,还没解决呢,尝试了1和3,Etot_drift不知道怎么去改
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