高斯优化柔性扫描寻找过渡态时取哪个点进行优化？

abcd401 · 发表于 Post on 2023-9-30 21:41:29

各位老师，我想请教一个问题，我想用柔性扫描辅助寻找过渡态，中间的氧进攻钼，与它形成桥氧键的同时有一个水分子脱去。发现扫描出来的图是这样子，我有两个问题：
1、那我做下一步TS优化是选最高点还是最高点右边的一个点？

2、过渡态TS优化完虚频振动方向是氧原子在两个钼之间振动还是水分子脱去的过程？
柔性扫描图：

结果图：

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-10-1 03:44:29

当扫描曲线光滑时，扫描最高点一般离过渡态最近，适合作为过渡态初猜。但你的扫描曲线不光滑，这时有两种做法：（1）通过改变扫描方向或选择其他扫描坐标，试图扫出光滑的曲线，再取最高点结构，缺点是需要多做一次扫描；（2）直接取现有曲线的最高点，这样做收敛概率会比较低，但好处是省一次扫描。最高点右边那个点没有理由比最高点更像过渡态，如果你从2~2.9埃的曲线趋势判断过渡态键长应该出在3.1埃附近的话，正确做法是从2.9埃反向续扫到3.1埃，而不是取你已有扫描曲线上的3.1埃的结构。
虚频振动方向是什么，只有优化出来过渡态才能知道

abcd401 · 发表于 Post on 2023-10-1 20:18:58

wzkchem5 发表于 2023-10-1 03:44
当扫描曲线光滑时，扫描最高点一般离过渡态最近，适合作为过渡态初猜。但你的扫描曲线不光滑，这时有两种做 ...

好的谢谢老师！我试一下您这个做法

abcd401 · 发表于 Post on 2023-10-12 12:54:41

老师，我后续做了一下从2.9埃反向续扫到3.1埃，结果出来是一条直线，那我该取哪个点进行优化呢？

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