gromacs 装到机械盘，会影响gromacs 的性能吗

shifan · 发表于 Post on 2023-10-2 14:43:18

请问，把gromacs 装到机械盘，会影响gromacs 的性能吗，因为好像在固态盘上运行更快

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2023-10-2 16:12:02

本帖最后由 Entropy.S.I 于 2023-10-2 16:25 编辑

机械硬盘会影响轨迹处理/分析的速度，尤其是使用脚本并行处理/分析大量轨迹时，机械硬盘的随机读性能是严重瓶颈。例如，使用顶级NVMe SSD配合多核性能较好的CPU几分钟就能跑完，而用机械硬盘可能要跑几个小时甚至更久。mdrun的速度不会受到明显负面影响，除非记录轨迹的频率设置得特别高。

至于你说的“把gromacs装到机械硬盘”这一点，只是对于程序启动速度有负面影响，但对于长模拟，这种影响可以忽略不计

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