怎么获得可与GAFF力场混用的无机小分子气体的力场参数？

Wenchuan · 发表于 Post on 2023-10-2 21:26:11

请问如何获得比较可靠的可与GAFF力场混用的无机小分子气体的力场参数？比如氮气、氧气、二氧化碳等。

喵星大佬 · 发表于 Post on 2023-10-3 23:23:16

兼容gaff的没有，如果只是这些可以看我做的trappe的力场包

http://bbs.keinsci.com/forum.php ... mp;highlight=trappe

Wenchuan · 发表于 Post on 2023-10-4 21:31:32

喵星大佬发表于 2023-10-3 23:23
兼容gaff的没有，如果只是这些可以看我做的trappe的力场包

http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewt ...

感谢指导

sdf · 发表于 Post on 2024-11-20 20:39:13

楼主，你好，看到你的提问，我现在也和你有同款疑问(模型中也是含有气体分子加别的基底，例如石墨等)，方便询问一下你最后咋处理的吗？

Wenchuan · 发表于 Post on 2024-11-20 21:38:02

本帖最后由 Wenchuan 于 2024-11-20 21:42 编辑

sdf 发表于 2024-11-20 20:39
楼主，你好，看到你的提问，我现在也和你有同款疑问(模型中也是含有气体分子加别的基底，例如石墨等)，方便 ...

这两篇文献中有小分子气体力场：DOI: 10.1021/acs.jctc.0c01132，DOI: 10.1021/acs.jctc.9b00653，这篇文献是我应用它们的工作：DOI: 10.1016/j.ces.2024.120233。或者可以学习一下二楼的分享。

sdf · 发表于 Post on 2024-11-20 22:10:02

Wenchuan 发表于 2024-11-20 21:38
这两篇文献中有小分子气体力场：DOI: 10.1021/acs.jctc.0c01132，DOI: 10.1021/acs.jctc.9b00653，这篇文 ...

谢谢楼主大大，还有一个问题需要请教，请教你使用的是那力场了，是混合力场？方便分享一下你的itp或者top文件吗？如有打扰，很抱歉。

Wenchuan · 发表于 Post on 2024-11-21 10:01:43

sdf 发表于 2024-11-20 22:10
谢谢楼主大大，还有一个问题需要请教，请教你使用的是那力场了，是混合力场？方便分享一下你的itp或者top ...

这是我得到的top文件和CO2、N2的itp文件：

mix.top (624 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 29) 、

CO2.itp (803 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 23) 、

N2.itp (357 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 20) ，文献中的参数需要根据单位换算。

liululu · 发表于 Post on 2024-12-14 15:48:08

Wenchuan 发表于 2024-11-21 10:01
这是我得到的top文件和CO2、N2的itp文件：、、，文献中的参数需要根据单位换算。

想请教一下，您发的文献里最后是用的二氧化碳的EPM2模型参数吗？我看您的mix.top文件中CO2是用的其他参数。希望得到您的回复

Wenchuan · 发表于 Post on 2024-12-16 15:29:13

liululu 发表于 2024-12-14 15:48
想请教一下，您发的文献里最后是用的二氧化碳的EPM2模型参数吗？我看您的mix.top文件中CO2是用的其他参数 ...

用的就是文献DOI: 10.1021/acs.jctc.9b00653中Table2的参数，只不过需要将其中的参数单位换算，请看帖子http://bbs.keinsci.com/thread-40622-1-1.html，换算如EXCEL所示：

top_CO2.xlsx (11.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 4) 。

liululu · 发表于 Post on 2024-12-16 18:45:09

Wenchuan 发表于 2024-12-16 15:29
用的就是文献DOI: 10.1021/acs.jctc.9b00653中Table2的参数，只不过需要将其中的参数单位换算，请看帖子h ...

感谢您的回复

liululu · 发表于 Post on 2024-12-16 23:19:05

Wenchuan 发表于 2024-11-21 10:01
这是我得到的top文件和CO2、N2的itp文件：、、，文献中的参数需要根据单位换算。

您好，想请教一下您，N2.itp中的参数是如何获得的？我想以同样的方法获取O2的相关参数，希望可以得到您的帮助。

Wenchuan · 发表于 Post on 2024-12-17 11:36:38

本帖最后由 Wenchuan 于 2024-12-17 11:37 编辑

liululu 发表于 2024-12-16 23:19
您好，想请教一下您，N2.itp中的参数是如何获得的？我想以同样的方法获取O2的相关参数，希望可以得到您的 ...

我的工作https://doi.org/10.1016/j.ces.2024.120233中使用的N2参数是从文献https://doi.org/10.1021/acs.jctc.0c01132中获得的，如果用GAFF或UFF力场需要转换势函数和单位，如EXCEL：

top_gas.xlsx (11.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 10) 。

liululu · 发表于 Post on 2024-12-17 14:10:13

Wenchuan 发表于 2024-12-17 11:36
我的工作https://doi.org/10.1016/j.ces.2024.120233中使用的N2参数是从文献https://doi.org/10.1021/acs ...

感谢感谢！！！

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