二聚体构象优化成了一个分子

smk · 发表于 Post on 2023-10-4 17:12:32

为了获取同一个化合物二聚体最优构象，采用gromacs分子动力学模拟生成一系列初始构象，再经MOPAC进一步优化，得到了两分子成键的构象。尝试换用xtb优化，结果优化出来的构象和mopac一致。想知道，大家有没有别的解决办法。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-10-4 17:29:49

是不是没有设体系的电荷？如果不设电荷，默认电荷是0

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-4 19:48:36

看此文弄清楚VMD怎么判断成键的。建议对每帧重新判断成键免得视觉上被误导
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

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[Molclus] 二聚体构象优化成了一个分子