求助 openbabel将sdf格式转换成mol2或者pdbqt时出错

Wey · 发表于 Post on 2023-10-11 10:45:50

本帖最后由 Wey 于 2023-10-11 11:12 编辑

openbabel将小分子sdf格式转换成mol2或者pdbqt时，转换出来的小分子用pymol或者DS打开，要么成平面，要么就是严重连接错误，这样的结构对接时能正常运行出结果；在转换过程中加-ocopy后，键连接与sdf一致，但是对接要么报错，要么不出结果。求教各位老师有没有碰到同样问题的，是什么原因，该如何解决

在转换过程中会有这样的警告： Failed to kekulize aromatic bonds in MOL file
查阅相关资料，加氢能减少凯库勒化失败，故加了氢，在-h运行时仍有该警告，但后续的转换就不会再提示了，转换的分子结构也是和上述一样

将sdf数据库中得第一个分子摘出，-h时正常运行，没有警告，后续不加-ocopy转换成pdbqt，ds打开连接没有问题，如图1-ds，pymol又错乱了，如图1-pymol，对接有结果，但用ds可视化连接是错误的，pymol依旧是错的

求问，是哪里的问题或者我该如何排查

Wey · 发表于 Post on 2023-10-11 21:16:59

经过一些探索，我发现在使用openbabel将2D的sdf转换成3D的sdf时，出现如下错误，Open Babel Error in OpenBabel::OBBuilder::GetFragmentCoord Rigid fragment c1cccnc1 in rigid-fragments.txt has all zero coordinates.转换出来的结构时平面且连接错误的，这个erro该如何解决呀

yy_ds_yyds · 发表于 Post on 2023-10-29 17:07:33

Wey 发表于 2023-10-11 21:16
经过一些探索，我发现在使用openbabel将2D的sdf转换成3D的sdf时，出现如下错误，Open Babel Error in Open ...

你好，请问你的问题解决了吗？我也碰到了这个问题。

wilely · 发表于 Post on 2025-6-16 17:05:47

有些可以，有些是平面结构。也不知道怎么解决？

student0618 · 发表于 Post on 2025-6-16 21:00:29

本帖最后由 student0618 于 2025-6-17 00:11 编辑

SDF格式2D或3D都有的。
obabel转换可用 --gen3D

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[综合交流] 求助 openbabel将sdf格式转换成mol2或者pdbqt时出错

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