求助gromacs中对氢键数量进行分析的结果

zy12

下面是使用gmx hbond做氢键分析得到的氢键数量结果。gromacs在判定氢键应该有两个标准，一个是氢键距离R<=0.35nm，另一个是角度<=30°。请问为啥分析完后，第三列数据反而比第二列数据少？是程序Bug吗
@    title "Hydrogen Bonds"
@    xaxis  label "Time (ps)"
@    yaxis  label "Number"
@TYPE xy
@ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85
@ legend on
@ legend box on
@ legend loctype view
@ legend 0.78, 0.8
@ legend length 2
@ s0 legend "Hydrogen bonds"
@ s1 legend "Pairs within 0.35 nm"
         0          71          48
         4          72          42
         8          72          43
        12          73          47
        16          76          56
        20          75          42
        24          75          51
        28          75          48
        32          78          39
        36          74          50
        40          76          48
        44          71          40
        48          71          47
        52          75          41
        56          77          48
        60          69          46
        64          77          40
        68          77          51
        72          71          43
        76          72          46
        80          78          58
        84          71          42
        88          77          49
        92          76          47
        96          74          51
       100          73          52
       104          70          47
       108          78          45
       112          69          56
       116          76          51

sobereva

正确理解第三列的含义
参看北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：

zy12

sobereva 发表于 2023-10-12 11:29
正确理解第三列的含义
参看北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_co ...

明白了，谢谢sob老师！