计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 703|回复 Reply: 0
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[程序/脚本开发] 求助,关于MDanalysis的矩阵相关报错

[复制链接 Copy URL]

284

帖子

0

威望

2879

eV
积分
3163

Level 5 (御坂)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 不会扣篮的后卫 于 2023-10-12 13:13 编辑

大家好!
当我参考MDanalysisi官网的降维例子时(官网的链接),用自己先前的轨迹文件执行以下代码,


aligner = align.AlignTraj(u, u, select='backbone',
                          in_memory=True).run()

代码报错显示:ValueError: operands could not be broadcast together with shapes (144,3) (0,3) (144,3)。请问如何避免这种错误报告?
附上144个原子的并五苯initial.pdb, trajectory.dcd 和 Jupyter notebook文件。

initial.pdb

11.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

test.ipynb

8.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

trajectory.dcd

3.06 MB, 下载次数 Times of downloads: 1

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-25 22:41 , Processed in 0.182913 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list