关于计算水溶液中有机小分子聚集过程中疏水作用力

cyang · 发表于 Post on 2014-12-6 01:30:07

本帖最后由 cyang 于 2014-12-11 19:05 编辑

请教大家个问题，关于计算水溶液中有机小分子聚集过程中弱相互作用力之一的疏水作用力,在分子模拟过程中怎样通过数值计算去求疏水作用力的变化值

wangxinyu · 发表于 Post on 2014-12-11 13:17:31

问题是什么呢？
是不是疏水相互作用和范德华力的区别？
以及，为什么是指数衰减？

青青青 · 发表于 Post on 2019-11-27 20:36:35

楼主，请问问题解决了吗？

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-28 02:36:30

那篇文章我没时间仔细看
疏水作用本质上是熵效应。原理上来说，可以在水中模拟两个分子，把两个分子间的非键作用都给去掉，然后算个逐渐远离过程的PMF曲线，各个距离下的曲线的梯度就相当于是各个距离下的疏水力

daydayup · 发表于 Post on 2019-12-8 21:43:17

sobereva 发表于 2019-11-28 02:36
那篇文章我没时间仔细看
疏水作用本质上是熵效应。原理上来说，可以在水中模拟两个分子，把两个分子间的非 ...

老师，请问您说的去掉非键相互作用，是指去掉LJ和静电相互作用吧，另外，疏水相互作用和范德华力哪个作用更强呢？
看到一些论文里面提到使用LJ势能来表征疏水相互作用，请问这样是不是不太可行呢

k64_cc · 发表于 Post on 2019-12-10 14:47:24

daydayup 发表于 2019-12-8 21:43
老师，请问您说的去掉非键相互作用，是指去掉LJ和静电相互作用吧，另外，疏水相互作用和范德华力哪个作用 ...

如果你说的疏水作用力是https://en.wikipedia.org/wiki/Depletion_force 这种的话，那他确实是熵效应……

你可以考虑把dF分解成dF = dU-TdS。dU就是平均能量，加个强restraint跑上十几ns就有了，再与dF相减就得到了-TdS部分的贡献。

sobereva · 发表于 Post on 2019-12-15 11:30:04

daydayup 发表于 2019-12-8 21:43
老师，请问您说的去掉非键相互作用，是指去掉LJ和静电相互作用吧，另外，疏水相互作用和范德华力哪个作用 ...

是
“LJ势能来表征疏水相互作用”这根本不靠谱

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[综合交流] 关于计算水溶液中有机小分子聚集过程中疏水作用力