gromacs报错：The cut-off length is longer than half the shortest box vector

姜酱将 · 发表于 Post on 2023-10-14 20:13:20

在运行mini.mdp文件时出现图示错误：说截断半径的长度比盒子的一半长，但是Layer.gro的尺寸为2.248*1.826*6.89(nm)，mdp文件如图。根据提示我修改了rvdw为0.8，rlist为0.6，运行皆会产生截断半径的错误，请问这是怎么回事？请各位大佬多多指教。

Layer.gro (146.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

Layer.top (450 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 4)

mini.mdp (543 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2)

钉钉咚咚 · 发表于 Post on 2024-5-21 20:08:48

我也遇到了，里面所有的r都得改，rcolomb的值也得变小

xuzekun · 发表于 Post on 2024-9-13 19:07:50

我也遇到这个问题了，有没有大佬具体说一说怎么解决呢？

FrancisCho · 发表于 Post on 2024-9-16 09:26:52

这个截断半径应该是要小于你盒子三个方向上最小长度的一半，y方向上盒子长度为1.826 nm，三个r都要小于0.913 nm，根据你的mdp文件显示库伦截断半径为1 nm，肯定会报错，建议使用 gmx editconf -f ***.gro -o **.gro -center 1.25 1.25 2 -box 2.5 2.5 4来调整（一般截断半径设置在1.2 nm就比较合适）

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[GROMACS] gromacs报错：The cut-off length is longer than half the shortest box vector