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[GROMACS] C-I-TASSER预测的多肽结构可以直接做gromacs的分子动力学模拟吗?

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如题。由于是自己的多肽,所以通过citasser预测的结构,但是不确定能不能直接在gromacs 使用pdb2gmx获得拓扑文件做接下来的模拟呢?求问各位老师~

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发表于 Post on 2023-10-14 22:36:14 | 只看该作者 Only view this author
citasser我不清楚,只要pdb文件里原子名和残基名符合IUPAC规范,pdb2gmx就能读取
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-15 17:46:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-14 22:36
citasser我不清楚,只要pdb文件里原子名和残基名符合IUPAC规范,pdb2gmx就能读取

谢谢老师~还想求问老师 如果是已知氨基酸序列的情况下 推荐什么方法获得相关结构呢~

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发表于 Post on 2023-10-15 19:47:12 | 只看该作者 Only view this author
ppisoncomputer 发表于 2023-10-15 17:46
谢谢老师~还想求问老师 如果是已知氨基酸序列的情况下 推荐什么方法获得相关结构呢~

多大的多肽?少于20个直接从extended structure跑MD也不是不行。

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发表于 Post on 2023-10-15 20:06:26 | 只看该作者 Only view this author
通过这个在线预测也有Predicted Ligand Binding Sites,我是准备从这个预测结果试试GMX。

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发表于 Post on 2023-10-15 21:28:31 | 只看该作者 Only view this author
ppisoncomputer 发表于 2023-10-15 17:46
谢谢老师~还想求问老师 如果是已知氨基酸序列的情况下 推荐什么方法获得相关结构呢~

几种基于氨基酸序列构建很简单蛋白质三维结构的工具
http://sobereva.com/687http://bbs.keinsci.com/thread-40331-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-16 13:47:02 | 只看该作者 Only view this author
对抗路达摩 发表于 2023-10-15 19:47
多大的多肽?少于20个直接从extended structure跑MD也不是不行。

26个氨基酸 我直接用pdb2gmx charmm36跑了一下水模型 跑了50ns rmsd还没稳定 而且部分基团还跑到盒子外面了……不知道跟结构不对有没有关系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-16 13:47:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-15 21:28
几种基于氨基酸序列构建很简单蛋白质三维结构的工具
http://sobereva.com/687(http://bbs.keinsci.com ...

谢谢老师 我学习一下!

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发表于 Post on 2025-11-6 10:37:29 | 只看该作者 Only view this author
您好,请问您用的是C-I-tasser的在线工具还是软件包呢?我现在使用在线工具提交作业总提示服务器内部错误,您遇到过这种情况吗

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