求助：使用相同计算方法，只是计算过程不同，但高斯能量输出G值不同，为何？

LYNNYL

想请教下各位老师，我想计算3A-B这一复合物的 Sum of electronic and thermal Free Energies，采用两种计算方式，计算方法相同，都是opt freq b3lyp/6-311g(d)，但是过程不一样，最终的 Sum of electronic and thermal Free Energies不同，为何？

方法一：
（1）首先A 和B 都通过opt freq得到各自的稳定结构（计算方法一样），
（2）之后将稳定的A结构的chk文件copy paste 三次到B稳定的chk文件中，通过opt freq计算得到复合物的稳定结构，读取Sum of electronic and thermal Free Energies。
（3）经过stable检验，复合物的波函数也是稳定的 The wavefunction is stable under the perturbations considered.）

方法二：
（1）首先A 和B 都通过opt freq得到各自的稳定结构（计算方法一样），
（2）将稳定的A结构的chk文件首先copy paste 两次到B稳定的chk文件中，通过opt freq计算得到2A:B复合物的稳定结构，
（3）再之后将稳定的A结构的chk文件再次copy paste 到2A:B复合物的chk文件中，提交进行Opt freq计算得到3A:B结构，读取Sum of electronic and thermal Free Energies。
（4）经过stable检验，复合物的波函数也是稳定的 The wavefunction is stable under the perturbations considered.）

通过比较，发现方法二得到的Sum of electronic and thermal Free Energies数值更负。两个结构都是稳定结构，那应该按哪种方法算更合适呢？整个计算过程的计算方法都相同，为什么这两种方式 得到的数值不同呢？

wzkchem5

靠简单复制粘贴构建的复合物的结构，即使优化收敛了，也是不能发表的。必须做构型搜索。参见http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
看了这个你也就能知道为什么不同方法优化出来结构不同，以及为什么这两个方法的结果都不可信了

sobereva

如果你是指的算的3个A和1个B的复合物、两种方法得到的都是无虚频的极小点且波函数稳定，但能量不同，说明算出来的是复合物的不同的结构。其中自由能最低的更稳定。想要确保得到这种复合物的真正能量最低构型应当做复合物的构型搜索，可以用genmer+molclus容易地实现，看下文
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

LYNNYL

sobereva 发表于 2023-10-15 16:43
如果你是指的算的3个A和1个B的复合物、两种方法得到的都是无虚频的极小点且波函数稳定，但能量不同，说明算 ...

谢谢Sob老师。我是想算下3个A和1个B的复合物，并且这两种方法，检查频率后都是实频，通过Stable进行函数稳定性检验都显示稳定。方法二比方法一能量更负，比方法一能量小0.015711 Hatree。

谢谢老师，我了解学习一下Genmer+molclus。

LYNNYL

wzkchem5 发表于 2023-10-15 16:41
靠简单复制粘贴构建的复合物的结构，即使优化收敛了，也是不能发表的。必须做构型搜索。参见http://bbs.kei ...

谢谢老师的解答，我学习一下这个教程。