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[GROMACS] 多肽rmsd图分析

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如题,使用的citasser模拟的多肽进行的水环境模拟,力场选择的charmm36,模拟了10ns,结果发现多肽后面跑到盒子边上了,看了sob老师的教程“可以用gmx trjconv结合-pbc mol使得转换出的新轨迹中的分子保持完整,计算RMSD前再经过叠合来消除蛋白质的整体运动”操作之后,rmsd图没有改变,附图分别为 一个周期性增加的前后构象截图(感觉好像构象没有什么改变,只有位置的变化),一个是rmsd图。求各位老师看看是什么情况呢?


另外,我只是想先在水环境中看一下多肽的变化,后面想做的是多肽与脂质膜的模拟,请问这样的情况下,还能做接下来的模拟吗?

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发表于 Post on 2023-10-18 04:07:28 | 只看该作者 Only view this author
不用管是否跑到了盒子边上
而且这和修正PBC记录方式是两码事
如果你想一直让分子在盒子中央呆着,一种做法是mdp里把这个分子对应的组设成消平动组,另一种做法是跑完之后用trjconv结合-center要求这个组居中
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-19 15:43:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-18 04:07
不用管是否跑到了盒子边上
而且这和修正PBC记录方式是两码事
如果你想一直让分子在盒子中央呆着,一种做 ...

谢谢老师回复!
但是还想问一下 这个rmsd是不是证明多肽还没有平稳呢?我应该再增加时间跑一下吗?看到您的教程提到柔性小分子rmsd不稳定也是正常的,不知道可以不可以继续接下来的实验呢?

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发表于 Post on 2023-10-20 08:12:31 | 只看该作者 Only view this author
ppisoncomputer 发表于 2023-10-19 15:43
谢谢老师回复!
但是还想问一下 这个rmsd是不是证明多肽还没有平稳呢?我应该再增加时间跑一下吗?看到 ...

跑个几十ns也花不了什么时间,跑了再看看
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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