hypervalent but has no d functions的问题

dashuo

请问Sob老师，我优化的团簇结构1有Cd，Se原子，泛函b3lyp赝势基组lanl2dz（lanl2），LOG文件出现[size=14.6667px]Se atom  may behypervalent but has no d functions，能够正常收敛。另一团簇结构2含有C,H原子, b3lyp/631g(d) 也能够正常收敛。当我研究前述优化后两个团簇结构相互作用时，使用wb97xd/genecp，混合基组Cd,Selanl2dz，C,H,631g(d)，在高斯计算LOG文件出现  Se atom  may behypervalent but has no d functions，但是LOG文件能够收敛，没有出现虚频，请问结果可靠吗，Se atom  may be hypervalent but has no d functions是什么意思。

liyuanhe211

例如SF6分子中，但既然S成了6根键，所以一定有3d轨道参与，故计算它的基组至少应该包含d型基函数，所以高斯计算时会做一检测，粗略判断成键情况，如果超过sp价轨道的成键数目，就认为应该有d，使用LanL2DZ对主族、6-31G之类不带d基函数的基组就会警告你这样算出来的结果很可能不合理。

主族的Se换用LanL08d好不少。

dashuo

十分感谢。
Se 用Lanlo8也不包含d吧，所以用Lanlo8d就包括了d吧，这样Se用Lanlo8d，Cd还用Lanl2dz就可以吧。
还有前述Cd,Se团簇与C,H团簇之间从实验角度看是不会形成化学键的，只有弱相互作用，计算输入文件时，我将Cd,Se团簇与C,H团簇边缘原子se与C原子几乎是挨着放着的，Se用Lanl2dz计算结果表明Cd,Se团簇与C,H团簇之间没有形成化学键，而且离开了几个A的距离，这样得到的两个团簇间作用的结论可以用吗。

liyuanhe211

dashuo 发表于 2016-9-11 19:06
十分感谢。
Se 用Lanlo8也不包含d吧，所以用Lanlo8d就包括了d吧，这样Se用Lanlo8d，Cd还用Lanl2dz就可以吧 ...

是LanL08，不是LanLo8。LanL08d对过渡金属没有定义。
结构合理性上传结构文件（如输入文件）、至少至少贴个图，用语言描述只有你自己能想清楚。

dashuo

liyuanhe211 发表于 2016-9-12 00:55
是LanL08，不是LanLo8。LanL08d对过渡金属没有定义。
结构合理性上传结构文件（如输入文件）、至少至少 ...

我利用Lanl08基组计算Cd,Se团簇，LOG文件还是出现了[size=14.6667px]Se atom  may behypervalent but has no d functions啊，优化结果能够收敛，无虚频。输入文件如下：
%nprocshared=12
%mem=2500MW
%chk=s1.chk
# opt freq=raman b3lyp/genecp geom=connectivity

CdSeLanl08
0 1
Cd                 0.13324110    3.27134330    0.32978770
Se                -1.02629352    5.56121281    0.11357603
Se                 2.62365774    2.82897942    0.87881445
Cd                 1.02513262    6.90509021   -0.66811298
Cd                 3.76238300    4.50163193   -0.73189103
Se                 3.45738762    6.96194632    0.08944438
Cd                 4.52635819    7.95545236   -1.97388977
Se                 4.52904576    7.09604507   -4.35840760
Cd                 5.43211877    4.69650885   -4.02944569
Se                 6.13700998    3.94976751   -1.65730814
Cd                 2.07495637    6.21474284   -4.38198996
Se                 0.26875626    7.49640913   -3.04639779
Cd                -1.34309701    5.55828398   -2.45912344
Se                 1.19055272    5.51563316   -6.73779912
Cd                -0.21843262    3.68770382   -5.65778766
Se                -0.44941040    0.96403359   -0.69782833
Cd                -0.85945202    1.74764998   -3.11703928
Cd                 2.12306196    0.94050526   -0.78283265
Se                 3.79734355    0.11050813   -2.51513634
Cd                 5.83100250    1.43872822   -1.81716581
Se                 0.65685871    1.32638597   -5.17194307
Se                 2.21963618    4.08215374   -2.83266437
Cd                 2.96647138    1.94027751   -4.18317602
Se                -2.22988377    3.73910875   -4.05254150
Se                 4.80935862    2.88671706   -5.76678685
Cd                 3.26330606    4.18364715   -7.30047756

1 2 1.0 3 1.0 16 1.0
2 4 1.0 13 1.0
3 5 1.0 18 1.0
4 6 1.0 12 1.0
5 6 1.0 10 1.0 22 1.0
6 7 1.0
7 8 1.0
8 9 1.0 11 1.0
9 10 1.0 25 1.0
10 20 1.0
11 12 1.0 14 1.0 22 1.0
12 13 1.0
13 24 1.0
14 15 1.0 26 1.0
15 21 1.0 24 1.0
16 17 1.0 18 1.0
17 21 1.0 24 1.0
18 19 1.0
19 20 1.0 23 1.0
20
21 23 1.0
22 23 1.0
23 25 1.0
24
25 26 1.0
26

Se 0
S   1   1.00
      1.0330000              1.0000000        
S   1   1.00
      0.6521000              1.0000000        
S   1   1.00
      0.1660000              1.0000000        
P   1   1.00
      2.3660000              1.0000000        
P   1   1.00
      0.3833000              1.0000000        
P   1   1.00
      0.1186000              1.0000000        
****
Cd 0
S   1   1.00
      0.5095000              1.0000000        
S   1   1.00
      0.1924000              1.0000000        
S   1   1.00
      0.0544000              1.0000000        
P   1   1.00
      0.8270000              1.0000000        
P   1   1.00
      0.1287000              1.0000000        
P   1   1.00
      0.0405000              1.0000000        
D   1   1.00
      5.1480000              1.0000000        
D   1   1.00
      1.9660000              1.0000000        
D   1   1.00
      0.7360000              1.0000000        
D   1   1.00
      0.2479000              1.0000000      
****

Se 0
SE-ECP     3     28
f-ul potential
  5
1    433.1931336            -28.0000000        
2     83.8952157           -214.3841762        
2     18.5839139            -65.6918782        
2      5.3955286            -24.6153932        
2      1.7474326             -2.4481497        
s-ul potential
  5
0    202.8986193              3.0000000        
1     78.3820487             62.0295390        
2     35.0753037            258.8555984        
2     10.8769543            118.7800153        
2      2.8005941             38.2355279        
p-ul potential
  5
0     44.3011875              5.0000000        
1     20.3874206             24.7973458        
2     23.1889948             63.7575640        
2      7.9777664             79.0512831        
2      2.2988146             22.9520183        
d-ul potential
  5
0     73.3628263              3.0000000        
1     48.3835618             22.4705907        
2     25.6297211            140.5492887        
2      7.1705822             63.5781835        
2      1.3639538              7.0753614
Cd 0
CD-ECP     3     36
f-ul potential
  7
0    350.0762490             -0.0613214        
1     81.1757778            -24.9355593        
2     24.7747818            -87.7728765        
2     12.5760330            -19.0665030        
2      4.9889712            -16.1901254        
2      1.8449910             -3.9441254        
2      0.5309494             -0.3097476        
s-ul potential
  5
0     54.5786193              2.9050102        
1     16.0082316             39.6289198        
2      5.2767462             57.4435790        
2      0.9731070             90.2351166        
2      0.9305646            -71.7139236        
p-ul potential
  4
0     41.3581766              1.9585463        
1     12.1214982             37.5669844        
2      3.4478806             44.0875104        
2      0.9362175             12.5678599        
d-ul potential
  6
0     85.3710499              2.9753499        
1     73.0500781             24.7054373        
2     28.4262887            218.2163143        
2      3.9450158            118.9945370        
2      3.5349379            -82.4999671        
2      0.6482194             -0.2413758        

liyuanhe211

dashuo 发表于 2016-9-12 08:37
我利用Lanl08基组计算Cd,Se团簇，LOG文件还是出现了Se atom  may behypervalent but has no d functions[ ...

你自己下面定义的根本没有d，这也根本不是LanL08d

1. Se 0
   
2. S   1   1.00
   
3.       1.0330000              1.0000000        
   
4. S   1   1.00
   
5.       0.6521000              1.0000000        
   
6. S   1   1.00
   
7.       0.1660000              1.0000000        
   
8. P   1   1.00
   
9.       2.3660000              1.0000000        
   
10. P   1   1.00
    
11.       0.3833000              1.0000000        
    
12. P   1   1.00
    
13.       0.1186000              1.0000000        
    
14. ****

复制代码

dashuo

是的，我误解你的意思了，我的意思是Cd,Se我用Lanl08算了一遍，没有解决d的问题。

dashuo

liyuanhe211 发表于 2016-9-12 10:48
你自己下面定义的根本没有d，这也根本不是LanL08d

十分感谢你的解答，受益很多。如果Se用Lanl08d，Cd还用Lanl2dz可以吧？下边的Lanl08d对吗，数据来自EMSL？
Se     0  
S   1   1.00
      1.0330000              1.0000000        
S   1   1.00
      0.6521000              1.0000000        
S   1   1.00
      0.1660000              1.0000000        
P   1   1.00
      2.3660000              1.0000000        
P   1   1.00
      0.3833000              1.0000000        
P   1   1.00
      0.1186000              1.0000000        
P   1   1.00
      0.0328000              1.0000000        
D   1   1.00
      0.3630000              1.0000000         
****
Cd 0
lanl2dz      
****

SE     0
SE-ECP     3     28
f-ul potential
  5
1    433.1931336            -28.0000000        
2     83.8952157           -214.3841762        
2     18.5839139            -65.6918782        
2      5.3955286            -24.6153932        
2      1.7474326             -2.4481497        
s-ul potential
  5
0    202.8986193              3.0000000        
1     78.3820487             62.0295390        
2     35.0753037            258.8555984        
2     10.8769543            118.7800153        
2      2.8005941             38.2355279        
p-ul potential
  5
0     44.3011875              5.0000000        
1     20.3874206             24.7973458        
2     23.1889948             63.7575640        
2      7.9777664             79.0512831        
2      2.2988146             22.9520183        
d-ul potential
  5
0     73.3628263              3.0000000        
1     48.3835618             22.4705907        
2     25.6297211            140.5492887        
2      7.1705822             63.5781835        
2      1.3639538              7.0753614         
Cd 0
lanl2dz   

sobereva

dashuo 发表于 2016-9-12 11:14
十分感谢你的解答，受益很多。如果Se用Lanl08d，Cd还用Lanl2dz可以吧？下边的Lanl08d对吗，数据来自EMSL ...

格式对。
给Se用lanl08d的时候Cd用lanl2DZ显得明显太小了，最起码lanl2TZ，条件好点就用Lanl2TZ(f)

dashuo

十分感谢sob老师，我试着去做。

csu-77

sobereva 发表于 2016-9-12 13:52
格式对。
给Se用lanl08d的时候Cd用lanl2DZ显得明显太小了，最起码lanl2TZ，条件好点就用Lanl2TZ(f)

sob老师，最近在算金属钴的配合物，用LanL2DZ一直收敛不了怎么回事呀，是基组选错了嘛，算Ni和Mn的时候都可以正常收敛

sobereva

csu-77 发表于 2021-1-14 15:02
sob老师，最近在算金属钴的配合物，用LanL2DZ一直收敛不了怎么回事呀，是基组选错了嘛，算Ni和Mn的时候都 ...

解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61