AMBER非标准氨基酸时出现could not find bond parameter

ovolcano

在体系准备时处理含非标准氨基酸的蛋白，生成非标准氨基酸的参数后进行tleap的时候check出现问题：


其中Error: could not find bond parameter for: C - NT

在我的蛋白里不应该有这个键，tleap的时候为什么会出现这个问题，该如何解决呢？
如图是生成的frcmod文件里的成键的信息：

Frozen-Penguin

frcmod记录的是不同类型的原子之间的化学键信息，而非是否成键。
包含是否成键的信息可能存在于这几个后缀名的文件中mol2,prepin,lib。
可以检查这些文件来判断对键的定义是否有问题，以及是否需要在frcmod中添加缺少的参数或者读取其他力场的frcmod文件。

rpestana94

What you show is just the parameters for bond and C-T bond dosen't exist, you should create the parameters for this residue and the problem will be solve, this can be done using gaussian to calculate the charges and obtain the prepi and frcmod file

ovolcano

Frozen-Penguin 发表于 2023-10-20 23:26
frcmod记录的是不同类型的原子之间的化学键信息，而非是否成键。
包含是否成键的信息可能存在于这几个后缀 ...

这个是我生成的prepin文件，从文件看C和NT应该没有成键，所以我觉得生成的frcmod文件应该没有缺少信息，而且我有一个疑问，我的蛋白里本不应该有这个键，那为什么会在tleap的时候会报错缺少这个键的参数呢？

ovolcano

rpestana94 发表于 2023-10-21 00:37
What you show is just the parameters for bond and C-T bond dosen't exist, you should create the para ...

Oh, I have generated the two files you mentioned and I don't think the generated parameter files lack information. And I have a question, my protein should not have this bond, so why is there an error of missing parameters for this bond?

rpestana94

Which is the non-standard residue and what about the angle parameters which are the other giving you errors

ovolcano

rpestana94 发表于 2023-10-21 10:54
Which is the non-standard residue and what about the angle parameters which are the other giving you ...

The parameter information of the angle that was not found also should not exist in my protein. Because there is no C-NT bond in the protein, there should naturally be no information about the angles formed by C, NT  and other atoms. And after checking, the BOND section in the obtained frcmod file includes all the bonds of the non-standard residue. I don't see any problems with the preprin and frcmod files. I want to know why it still looks for information about this C-NT bond which should not already exist?

Frozen-Penguin

ovolcano 发表于 2023-10-21 09:52
这个是我生成的prepin文件，从文件看C和NT应该没有成键，所以我觉得生成的frcmod文件应该没有缺少信息， ...

C-NT这个键应该是肽键里面的吧，所以不会出现在残基内，如果你是按照antechamber的流程做的，过程中应该写过一个主链信息文件，这个文件里写了这个键的信息。如果非标准残基的参数用了gaff2，肽键的参数之间用amber力场的就可以了。

rpestana94

ovolcano 发表于 2023-10-21 03:42
The parameter information of the angle that was not found also should not exist in my protein. Bec ...

Sometimes the error is due to the name of the residue but usually when you load the prep and frcmod file that you create this error is solve

八月的雨季

就是你漏掉了一些键、角参数，补上就行了

ovolcano

Frozen-Penguin 发表于 2023-10-21 20:54
C-NT这个键应该是肽键里面的吧，所以不会出现在残基内，如果你是按照antechamber的流程做的，过程中应该 ...

我的非标准氨基酸残基主链应该是NT-CT-C（NT是与上一个残基的C相连的原子，CT是αC原子，C是与下一个残基的N相连的原子），C和NT没有相连，要说C-NT键存在那应该是非标准残基与相邻残基形成的键，那我生成的非标准残基的参数确实是没有这个键的参数的。关于您说的这个“肽键的参数之间用amber力场的”应该怎么做？

ovolcano

八月的雨季 发表于 2023-10-22 15:25
就是你漏掉了一些键、角参数，补上就行了

是需要自己手动补上吗？

Frozen-Penguin

ovolcano 发表于 2023-10-23 16:39
我的非标准氨基酸残基主链应该是NT-CT-C（NT是与上一个残基的C相连的原子，CT是αC原子，C是与下一个残基 ...

直接写 source leaprc.protein.ff19SB 就可以了，19SB的参数里面有C-N*。用其他的AMBER力场也可以，根据实际的需求决定。

kongmenghua

你好，这个问题解决了嘛，我也出现了这样的问题

ovolcano

kongmenghua 发表于 2024-5-11 17:56
你好，这个问题解决了嘛，我也出现了这样的问题

非标准氨基酸的两端不要只用氢原子补全，用ACE和NME封端后再进行参数生成，就不会有参数缺少的问题了。