Packmol建模插入较多位阻较大的分子导致建模不成功

Jus · 发表于 Post on 2023-10-22 09:48:41

本帖最后由 Jus 于 2023-10-22 20:08 编辑

各位大佬你们好，我想用packmol定向构建数量较多、位阻较大的表面活性剂分子，建模结束后并没有显示success，而是出现下图的提示，生成的是模型pdb文件和pdb_forced文件。
问题1：我能使用这个pdb或是pdb_forced文件进行下一步的动力学模拟吗。我尝试过用pdb文件跑em、npt，发现都没有问题，不知道这样的模型会不会对数据有影响。
问题2：图片中提示"If you want that the packing procedure continues for a Longer time，add the following keyword to the input file ’nloop [integer]’ "，请问我能不能通过添加”nloop [integer]"这个命令让packmol继续建模，最后success，不生成pdb_forced
谢谢各位大佬的指导与解答！

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-23 00:28:23

结果能用就行

Jus · 发表于 Post on 2023-10-23 15:52:11

sobereva 发表于 2023-10-23 00:28
结果能用就行

好的，谢谢老师

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] Packmol建模插入较多位阻较大的分子导致建模不成功

浏览过的版块