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[GROMACS] gromacs模拟过程中能不能让锂离子运动靠近金属表面0.1nm处时发生电荷变化

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老师,gromacs能不能做一个这样的位置限制或者有没有参考的脚本或者案例:在模拟过程中,锂离子运动靠近锂金属表面0.1nm处会发生电荷变化,从+1变成0,变成一个原子,表面带负电。模拟这样一个沉积过程。不知道gromacs能不能实现。

这篇文献中粗粒度分子模拟锂离子沉积到锂金属板,但文章中没有看到锂离子有电荷变化这样一个过程,但是提到锂离子与电极板接触后会变成锂原子
https://doi.org/10.1002/adfm.201910138


这篇文献使用lammps模拟锂原子沉积锂板,锂原子每2ps插入
https://doi.org/10.1038/s41467-023-38757-2





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发表于 Post on 2023-10-24 04:28:46 | 只看该作者 Only view this author
GROMACS没法直接实现
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-24 08:59:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-24 04:28
GROMACS没法直接实现

老师,能不能在具体说下,我在别人的帖子有看到可以随机插入原子,但是没看到在一个距离发生变化的这种情况。

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发表于 Post on 2023-10-25 00:41:26 | 只看该作者 Only view this author
打豆豆的灰鸭 发表于 2023-10-24 08:59
老师,能不能在具体说下,我在别人的帖子有看到可以随机插入原子,但是没看到在一个距离发生变化的这 ...

改源代码,或者用其它程序
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发表于 Post on 2024-4-18 10:20:42 | 只看该作者 Only view this author
您好,我想问一下这个锂金属表面是如何固定位置的呢,我在位置限制时由于19200个铁原子都是一样的,所以itp,posre.itp我就写了一个铁原子,但是跑完nvt发现所有的铁原子都散乱了,这个要怎么设置才能将铁面的所有原子固定住呢。

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发表于 Post on 2024-4-18 11:34:30 | 只看该作者 Only view this author
chuxuedexiaobai 发表于 2024-4-18 10:20
您好,我想问一下这个锂金属表面是如何固定位置的呢,我在位置限制时由于19200个铁原子都是一样的,所以itp ...

显然应该给每个Fe都加上限制,可以手动改.itp文件,也可以借助gmx genrestr辅助产生位置限制文件
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发表于 Post on 2024-4-18 14:19:58 | 只看该作者 Only view this author
Seyilaxa 发表于 2024-4-18 11:34
显然应该给每个Fe都加上限制,可以手动改.itp文件,也可以借助gmx genrestr辅助产生位置限制 ...

那itp里面也是需要把19200个铁都写出来然后再跑嘛

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发表于 Post on 2024-4-18 14:38:17 | 只看该作者 Only view this author
chuxuedexiaobai 发表于 2024-4-18 14:19
那itp里面也是需要把19200个铁都写出来然后再跑嘛

[ position_restraints ]中的原子序数和拓扑文件对应的[ atoms ]中一致,如果把每个Fe都当成独立的一个原子就只需要写一行限制信息;如果把所有的Fe当成一个整体分子就要把每个原子都写上。
同时注意在NVT时确保带有限制信息的.itp文件被正确引用
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发表于 Post on 2024-4-18 14:55:47 | 只看该作者 Only view this author
Seyilaxa 发表于 2024-4-18 14:38
[ position_restraints ]中的原子序数和拓扑文件对应的[ atoms ]中一致,如果把每个Fe都当成独立的一个原 ...

好的,非常感谢您的回复,我是要把所有的铁当作一个分子,然后由于铁太多了19200个,我尝试用pdb2gmx命令直接转化,但我选着力场后,命令就报错了。
Feature not implemented:Can only select the first of multiple force field entries with directory name
'gromos54a7.ff' in the list. If you want to use the next entry, run pdb2gmx in
a different directory, set GMXLIB to point to the desired force field first,
and/or rename or move the force field directory present in the current working
directory.
对于这种原子数量很多的看作一个整体的话,有什么比较容易的方法来得到包含所有原子的itp文件呢。

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发表于 Post on 2024-4-18 15:57:33 | 只看该作者 Only view this author
chuxuedexiaobai 发表于 2024-4-18 14:55
好的,非常感谢您的回复,我是要把所有的铁当作一个分子,然后由于铁太多了19200个,我尝试用pdb2gmx命令 ...

看起来这个报错和你的问题无关,是力场路径的问题。如果是用了 -ff gromos54a7.ff 指认力场,把.ff后缀删掉试试。
另外,如果考察的重点不在金属部分,我个人认为可以忽略铁原子和铁原子之间的相互作用,单独给一个Fe在拓扑文件中建立[atoms]和限制信息,然后在[molecules]对应.gro的位置插入FE    19200。
我看到你发的主题帖了,可以把相关的.itp和.top文件贴出来看看
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发表于 Post on 2024-4-18 19:39:15 | 只看该作者 Only view this author
Seyilaxa 发表于 2024-4-18 15:57
看起来这个报错和你的问题无关,是力场路径的问题。如果是用了 -ff gromos54a7.ff 指认力场,把.ff后缀删 ...

gro,itp文件在那个帖子里面下面的回复我贴了,gro太大了没法上传,麻烦您可以帮忙看看嘛,感谢

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发表于 Post on 2024-4-18 19:41:19 | 只看该作者 Only view this author
Seyilaxa 发表于 2024-4-18 15:57
看起来这个报错和你的问题无关,是力场路径的问题。如果是用了 -ff gromos54a7.ff 指认力场,把.ff后缀删 ...

gro

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