有无构建共价有机框架（covalent organic framework, COF）拓扑的通行方法

xiaoruoqiu · 发表于 Post on 2023-10-23 14:08:34

如题所述，使用Gromacs开展COF的分子动力学模拟，需要生成COF的拓扑，请问有无通行方法？

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-10-23 22:20:52

可以试试AuToFF的MOF/COF模块：https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/mof-cof

第一步：上传COF结构的cif文件，选择GAFF系列或者OPLS-AA系列的力场，如果存在不支持的元素（下一步识别原子类型为DU，无法继续进行下一步），可以增加UFF力场作为补充。

第二步：选择pacmof-COF-DDEC电荷模型，可以通过AI预测DDEC电荷。也可以选择m-CBAC电荷模型。

第三步：选择gromacs软件，设置需要的晶胞扩展，即可下载扩胞之后的gromacs格式的拓扑文件。

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-24 02:01:10

sobtop构建COF体系超级方便，主页http://sobereva.com/soft/Sobtop里有完整例子，推荐结合CP2K算的REPEAT电荷，是孔洞、层状物质做吸附计算的最理想的选择
CP2K计算REPEAT电荷的输入文件可以用Multiwfn非常方便地产生
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）

xiaoruoqiu · 发表于 Post on 2023-10-26 23:27:36

本帖最后由 xiaoruoqiu 于 2023-10-26 23:33 编辑

slxc920113 发表于 2023-10-23 22:20
可以试试AuToFF的MOF/COF模块：https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/mof-cof

第一步 ...

感谢，这种傻瓜式的操作真是太友好了~

xiaoruoqiu · 发表于 Post on 2023-10-26 23:27:56

sobereva 发表于 2023-10-24 02:01
sobtop构建COF体系超级方便，主页http://sobereva.com/soft/Sobtop里有完整例子，推荐结合CP2K算的REPEAT电 ...

感恩社长

阿di达思 · 发表于 Post on 2023-11-13 15:09:45

slxc920113 发表于 2023-10-23 22:20
可以试试AuToFF的MOF/COF模块：https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/mof-cof

第一步 ...

学习了！AuToFF

吹梦到西洲 · 发表于 Post on 2024-9-22 16:40:49

slxc920113 发表于 2023-10-23 22:20
可以试试AuToFF的MOF/COF模块：https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/mof-cof

第一步 ...

想请问一下如此生成的拓扑文件.top中分子数是1；如果我生成比如3x3x3的COF结构实际上每一层一个分子的话有三个分子，分子数如果是1的话是否合理呢？会造成什么问题吗？还是我需要一次生成一层然后再手动添加多层？

slxc920113 · 发表于 Post on 2024-9-23 08:28:44

吹梦到西洲发表于 2024-9-22 16:40
想请问一下如此生成的拓扑文件.top中分子数是1；如果我生成比如3x3x3的COF结构实际上每一层一个分子的 ...

当作一个整体就好了

吹梦到西洲 · 发表于 Post on 2024-9-23 09:08:21

slxc920113 发表于 2024-9-23 08:28
当作一个整体就好了

感谢！

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[GROMACS] 有无构建共价有机框架（covalent organic framework, COF）拓扑的通行方法

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