使用sobtop生成改性SiO2itp文件，扩大二氧化硅后能量最小化不成功

Jus · 发表于 Post on 2023-10-23 23:09:21

本人使用sobtop生成改性二氧化硅的itp文件，此前二氧化硅尺寸是40*40*14，能量最小化以及之后的动力学模拟都没有问题。
现准备建60*60*14的改性二氧化硅，同类的模型能量最小化始终不成功。我调整了dat文件中的相关参数，均在如下文献上获得，但能量最小化仍然不成功。想请问一下扩大改性二氧化硅后，dat文件里的参数需要调整吗，是不是因为参数不对导致无法能量最小化。

谢谢老师的解答！

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-24 03:47:18

既然之前40*40*14都没问题，那大概率就不是参数和AT_assign.dat的问题。检查sobtop的输入文件，看看里面成键关系的记录是否有问题，并且注意看sobtop载入文件后显示的成键关系，看看诸如跨盒子的键有没有被识别等等。并且注意看提示里受力非常大的原子所在的位置，看有无异常。

牧生 · 发表于 Post on 2023-10-24 09:18:51

疑问：-OH中的氧原子参数合Si-O的氧原子参数不一样，它们的名字能一样吗？

Jus · 发表于 Post on 2023-10-31 13:33:19

sobereva 发表于 2023-10-24 03:47
既然之前40*40*14都没问题，那大概率就不是参数和AT_assign.dat的问题。检查sobtop的输入文件，看看里面成 ...

好的老师，已解决

thduan · 发表于 Post on 2023-11-22 20:13:21

Jus 发表于 2023-10-31 13:33
好的老师，已解决

你好，请问你这个问题是怎么解决的啊，我也遇到了同样的问题

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[Sobtop] 使用sobtop生成改性SiO2itp文件，扩大二氧化硅后能量最小化不成功