系统布局问题，gromacs跑不起来

jia1012428 · 发表于 Post on 2023-10-24 14:39:51

老师，您好，我们实验室买了一台计算机组，也安装了gromacs软件，但是运行mpirun gmx_mpi mdrun -ntmpi 1 -ntomp 28 -pme gpu -gpu_id 0 -s md_0_1.tpr的时候，总是hydra_bst+先cancelled，然后整个过程就failed了，我附带上报错文件和.sh文件，请老师指点一二，万分感谢

snljty2 · 发表于 Post on 2023-10-24 15:51:39

先弄清你装的是MPI版本还是thread-MPI版本，两者不能在同一个gmx里同时支持，前者命令格式mpirun -np mmm gmx_mpi mdrun -ntomp nnn ...，后者格式是dmg mdrun -ntmpi mmm -ntomp nnn ...，其中mmm是有多少个MPI/thread-MPI，nnn是每个MPI/thread-MPI下面有多少个OpenMP线程在跑。如果不跨节点跑，不要编译MPI版本，编译默认的thread-MPI版本即可，也不要用mpirun。

jia1012428 · 发表于 Post on 2023-10-25 13:15:11

snljty2 发表于 2023-10-24 15:51
先弄清你装的是MPI版本还是thread-MPI版本，两者不能在同一个gmx里同时支持，前者命令格式mpirun -np mmm g ...

我们安装的是mpi版本，这个方便大规模使用
请问跑一个gromacs任务需要多少cpu，多少gpu，多少内存

jia1012428 · 发表于 Post on 2023-10-25 21:50:34

各位老师，请问这个问题，工程师等着布局，谢谢回答
请问跑一个gromacs任务需要多少cpu，多少gpu，多少内存

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[GROMACS] 系统布局问题，gromacs跑不起来

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