采用QM/MM模拟固态堆积对于内重组能的影响的方法结果是否准确？

hequ

各位老师好，
为了在计算分子内重组能时将分子堆积的影响考虑在内，通过Gaussian的oniom模块设置了两层模型如下图：蓝色为嵌入分子作为高层，采用量子力学处理；而周围分子作为低层，采用分子力学处理，在UFF力场下计算。其中嵌入的中心分子(高层)被允许弛豫，而周围分子(低层)坐标被冻结用于模拟环境分子。在送审过程中审稿人提出 the authors state “The high layer was allowed to relax, while the low layer was kept frozen.”.  The authors should evaluate if such frozen affect the actual reorganization energy?!  在查阅了相关文献后均未对固定周围分子是否对结果准确性产生影响做出解释，请问各位老师有合理的解释吗？

sobereva

可以尝试外面再多包一层环境分子，将它们冻结，而和中心分子挨着的那一层放开，看看此时计算的结果和之前有无显著差异。没明显差异说明之前的做法可以接受

hequ

sobereva 发表于 2023-10-25 10:12
可以尝试外面再多包一层环境分子，将它们冻结，而和中心分子挨着的那一层放开，看看此时计算的结果和之前有 ...

好的，明白了，感谢sob老师