求助：(MS相关）如何整体移动晶胞的位置（已解决）

shinkon

我有一个立方晶胞的cif，想把其中某个原子的位置调整到晶胞的正中间且保持所有原子的相对位置都不变，请问应该如何操作呢？谢谢



目前根据7楼的方法，已成功获得所需结构，同时感谢软件开发者sob老师

唯一缺点是移动完之后原先的原子内编号（如F1，F2，……）消失了

fux

要不你用VESTA吧，更简单快捷而且看着舒服

含光君

Build - Symmetry - make P1，选中所有原子，在3D Movements Tool bar中操作移动

shinkon

含光君 发表于 2023-10-25 09:37
Build - Symmetry - make P1，选中所有原子，在3D Movements Tool bar中操作移动

3D movement我试过了，没法刚好移到中间（0.5，0.5,0.5）

shinkon

fux 发表于 2023-10-25 08:58
要不你用VESTA吧，更简单快捷而且看着舒服

啊，请问vesta也能实现这个操作吗？

fux

shinkon 发表于 2023-10-25 14:25
啊，请问vesta也能实现这个操作吗？

Edit-Unit cell-Transform-Origin shift p可以直接按照向量平移

Eudaimonia

multiwfn，主功能300-7-24，原子index可以主界面的0查询

shinkon

fux 发表于 2023-10-25 14:35
Edit-Unit cell-Transform-Origin shift p可以直接按照向量平移

好的，我试试

shinkon

fux 发表于 2023-10-25 14:35
Edit-Unit cell-Transform-Origin shift p可以直接按照向量平移

我试了一下，新的坐标是(a,b,c)p=(p1a,p2b,p3c),似乎不能实现平移？

shinkon

Eudaimonia 发表于 2023-10-25 14:36
multiwfn，主功能300-7-24，原子index可以主界面的0查询

好的，我试试

shinkon

Eudaimonia 发表于 2023-10-25 14:36
multiwfn，主功能300-7-24，原子index可以主界面的0查询

谢谢，目前这个方法得到的结构最好，选定原子能准确落在中心。谢谢层主，谢谢sob老师的软件。

卡开发发

含光君 发表于 2023-10-25 09:37
Build - Symmetry - make P1，选中所有原子，在3D Movements Tool bar中操作移动

一种办法是选定全部的原子，然后在tool bar里面的3D viewer部分creat centroid，然后修改这个centroid坐标即可（centroid绑定的是选定的原子），需要提前把要移动的原子的矢量算出来加到这个centroid。或者也可以用ase，不超过10行python代码也许就能解决。

shinkon

卡开发发 发表于 2023-10-25 18:10
一种办法是选定全部的原子，然后在tool bar里面的3D viewer部分creat centroid，然后修改这个centroid坐 ...

卡老师，第一种方法我试过，他就是和（0.5 0.5 0.5）差一点导致一些在边缘的原子飞出去了。

wsz

shinkon 发表于 2023-10-26 15:40
卡老师，第一种方法我试过，他就是和（0.5 0.5 0.5）差一点导致一些在边缘的原子飞出去了。

MS移动时可以精确设置距离

卡开发发

shinkon 发表于 2023-10-26 15:40
卡老师，第一种方法我试过，他就是和（0.5 0.5 0.5）差一点导致一些在边缘的原子飞出去了。

你可以用build->symmetry->redefine lattice，矢量按照单位阵填，这样外面的原子应该会都落在晶胞内。