关于煤分子力场选择和建模

bgs

刚入分子模拟计算的小白，想采用gmx模拟煤和水体系的润湿作用。用ms建模煤分子pdb，用gmx生成gro文件选择opls-aa力场     显示Fatal error:Residue 'UNK' not found in residue topology database      由于刚入手不知道如何下手去修改残基名

想问问各位老师

1.关于该体系   gmx是否适用
2.关于该体系 力场opls-aa选择是否合理
3.由于煤pdb文件内名称为UNK   gmx无法识别 这个应该如何修改才能往下搭建模型

slxc920113

可以用OPLS-AA力场，但是煤的结构一般都非常大，RESP和CM5电荷很难算的动，而OPLS-AA自带的电荷往往无法保证总的净电荷正确，你可以在AuToFF的全原子力场模块上传pdb文件，然后选择OPLS-AA/M力场，点击下一步选；择MMFF94或者GNN-RESP电荷，再点击下一步。

sobereva

如果当前体系里分子种类不多，比如就是几种多环芳烃分子，依次用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）基于GAFF力场产生各类分子的itp文件，include到主top文件就完了，很简单的事

不要乱用pdb2gmx，根本不适合当前体系。pdb2gmx通常是对于蛋白质、DNA、聚合物之类重复单元聚合的大分子才用的。rtp里没定义的残基必须自己补充进去。


没常识的话通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）系统性学一遍就全明白了

牧生

煤的结构极为复杂，结构也不统一。。你大概率也就是按照文献中报道的几种高级烃类的结构当作煤，单个分子的总原子数大概就几十或百多个。
结合ORCA，用懒人脚本一条命令得到RESP2电荷，再用sobtop建立拓扑，是最佳操作。
http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html

bgs

牧生 发表于 2023-10-26 10:08
煤的结构极为复杂，结构也不统一。。你大概率也就是按照文献中报道的几种高级烃类的结构当作煤，单个分子的 ...

您好！      我在使用脚本过程中    利用multiwfn 输入 ./1.2CM5.sh c.xyz 一直提示"./1.2CM5.sh c.xyz" cannot be found, input again     但我的输入文件.sh和.xyz都在同一目录下      请问您遇见这种问题吗？

牧生

bgs 发表于 2023-10-30 11:19
您好！      我在使用脚本过程中    利用multiwfn 输入 ./1.2CM5.sh c.xyz 一直提示"./1.2CM5.sh c.xyz"  ...

你安装orca或者gaussian了吗？  

bgs

牧生 发表于 2023-10-30 12:59
你安装orca或者gaussian了吗？

我装了Gaussian16        在win系统下的

牧生

bgs 发表于 2023-10-30 14:32
我装了Gaussian16        在win系统下的

那个懒人脚本，在Linux下是最好用的，哪怕你装个WSL也好啊。

如果只在win下用，最省事的还是用g16优化分子结构后，算个单点能，再手动用Multiwfn来计算电荷

个人意见：一般文献中的煤分子都是比较大的环状烃类，除非你的CPU很强，否则，用g16优化百多个原子的煤分子，而且还是在win下，估计你没那个耐心等它算完。

最佳选择仍然是第四楼的建议。

bgs

牧生 发表于 2023-10-30 16:54
那个懒人脚本，在Linux下是最好用的，哪怕你装个WSL也好啊。

如果只在win下用，最省事的还是用g16优化 ...

好的    非常感谢解答！

bgs

牧生 发表于 2023-10-30 12:59
你安装orca或者gaussian了吗？

您好    请问您有用orca优化分子结构的经验吗？      http://bbs.keinsci.com/thread-41004-1-1.html

3163582842

请问在lammps里除了用dreding还能用啥力场描述煤呢？