VMD计算径向分布函数时出现错误measure gofr: only orthorhombic cells are supported

hanmengsha · 发表于 Post on 2023-10-25 11:51:10

VMD计算RDF（径向分布函数）的时候，导入的是vasp计算的XDATCAR，但是计算时出现这种错误：measure gofr: only orthorhombic cells are supported (for now).
请问各位老师，这是什么情况呜呜呜

lyj714 · 发表于 Post on 2023-10-25 12:17:24

vmd的rdf计算工具不支持非正交体系，需要考虑用其他工具算

hanmengsha · 发表于 Post on 2023-10-25 12:26:56

lyj714 发表于 2023-10-25 12:17
vmd的rdf计算工具不支持非正交体系，需要考虑用其他工具算

这样啊，好滴谢谢，那除了这个还有什么工具可以算RDF啊

hanmengsha · 发表于 Post on 2023-10-25 13:08:36

lyj714 发表于 2023-10-25 12:17
vmd的rdf计算工具不支持非正交体系，需要考虑用其他工具算

但是当我不点PBC的时候就能计算，点了pbc就出现只能正交体系才能计算。这是什么情况呢

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2023-10-25 23:20:36

hanmengsha 发表于 2023-10-25 13:08
但是当我不点PBC的时候就能计算，点了pbc就出现只能正交体系才能计算。这是什么情况呢

是否正交是PBC的属性，没有PBC自然就不用考虑这一点

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-26 08:27:11

没有叫VND的东西，帖子标题给你改了，以后注意
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “VND计算径向分布函数” 改了，以后务必注意，下次将删帖+扣分处理。

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-26 08:29:01

用GROMACS的gmx rdf算，支持非正交盒子。自己用VMD转换轨迹成gromacs的trr格式

北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里我讲通过退火产生无定型二氧化硅的例子的时候就让学员这么干

hanmengsha · 发表于 Post on 2023-10-26 14:16:45

sobereva 发表于 2023-10-26 08:27
没有叫VND的东西，帖子标题给你改了，以后注意
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字 ...

好的好的，谢谢

hanmengsha · 发表于 Post on 2023-10-26 14:18:31

sobereva 发表于 2023-10-26 08:29
用GROMACS的gmx rdf算，支持非正交盒子。自己用VMD转换轨迹成gromacs的trr格式

北京科音CP2K第一性原理 ...

好的好的，谢谢

hanmengsha · 发表于 Post on 2023-10-26 14:19:40

Frozen-Penguin 发表于 2023-10-25 23:20
是否正交是PBC的属性，没有PBC自然就不用考虑这一点

好滴

飞飞fly · 发表于 Post on 2024-5-10 12:22:39

Frozen-Penguin 发表于 2023-10-25 23:20
是否正交是PBC的属性，没有PBC自然就不用考虑这一点

你好，计算的时候不考虑PBC影响大吗

小航 · 发表于 Post on 2024-8-29 16:30:14

你好，我想问一下你是如何计算出非正交体系的RDF

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[VMD] VMD计算径向分布函数时出现错误measure gofr: only orthorhombic cells are supported