Multiwfn如何计算单个分子的亲疏水面积

zdwssg123 · 发表于 Post on 2023-10-27 16:26:16

求助，现在我已经可以计算单个分子的范德华表面积，但我怎么计算出改面积中，亲水和疏水的面积。使用Multiwfn和VMD计算分子表面积和片段表面积 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)
根据gromacs里的计算，电荷在-0.2到0.2之间为疏水面积，但在multiwfn里我只会定义电荷密度，那么怎么定义这个电荷范围来计算单个分子的亲水疏水面积呢?

求大神指导！

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-28 04:04:19

此文里我提出了基于分子表面静电势对极性和非极性面积的定义
谈谈如何衡量分子的极性
http://sobereva.com/518（http://bbs.keinsci.com/thread-14971-1-1.html）

按下文，Multiwfn用主功能12做定量分子表面分析后，直接就给你极性和非极性表面积
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159

zdwssg123 · 发表于 Post on 2023-11-3 16:41:43

sobereva 发表于 2023-10-28 04:04
此文里我提出了基于分子表面静电势对极性和非极性面积的定义
谈谈如何衡量分子的极性
http://sobereva.co ...

感谢sob老师，我现在可以计算出分子的亲疏水面积，请问接下来如何才能绘制出亲疏水面积的图像呢？
参考了 http://sobereva.com/487 和http://sobereva.com/196 如果vmd可以将color bar改成RWR 然后显示0-0.02应该就可以，但vmd只支持三种色彩，请问sob老师还有别的方法吗

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-4 05:06:03

zdwssg123 发表于 2023-11-3 16:41
感谢sob老师，我现在可以计算出分子的亲疏水面积，请问接下来如何才能绘制出亲疏水面积的图像呢？
参考 ...

使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）
上文说了，1.9.4非正式版着色时支持更多的色彩变化方式

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