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[Material Studio] materials studio对packmol产生的聚合物盒子优化后CO键的键长变得很长?

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各位老师同学们好,我首先使用materials studio建立了聚合物的单链(20个重复单元),然后将其保存为PDB文件。使用packmol建立了一个含有10条链的聚合物盒子.在MS中打开刚用packmol建立的盒子还挺正常,我对其使用build功能中的crystals建立周期性体系。对该盒子进行结构优化后发现原本的碳氧键键长变为约3.044埃米,显然不合理。请问这种情况是因何造成的呢?

202310281636289037..png (121.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

优化前的AC

优化前的AC

202310281635592677..png (118.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

优化后的AC

优化后的AC

202310281629372336..png (49.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 24)

对AC进行OPT设置

对AC进行OPT设置

202310281629009387..png (76.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

对AC进行OPT设置

对AC进行OPT设置

PD12BANAC.zip

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packmol建立的盒子的pdb文件

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truffle

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发表于 Post on 2023-10-28 16:59:10 | 只看该作者 Only view this author
把Optimize cell勾上看看,你固定了cell尺寸去优化显然不合理啊
No problem is insoluble in all conceivable circumstances.

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-28 16:59:46 | 只看该作者 Only view this author
naoki 发表于 2023-10-28 16:59
把Optimize cell勾上看看,你固定了cell尺寸去优化显然不合理啊

好的 我试试看先 谢谢您

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-28 17:08:12 | 只看该作者 Only view this author
naoki 发表于 2023-10-28 16:59
把Optimize cell勾上看看,你固定了cell尺寸去优化显然不合理啊

你好,我尝试了一下,键长依旧会增长到2点多3点多

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发表于 Post on 2023-10-28 17:19:01 | 只看该作者 Only view this author
查看一下,模型优化前的碳氧键是C=O双键,而不是C-O单键

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-28 19:58:23 | 只看该作者 Only view this author
ZZU_SCU 发表于 2023-10-28 17:19
查看一下,模型优化前的碳氧键是C=O双键,而不是C-O单键

你太强了哥! 我忘记检查这个了,MS键的类型是有影响的不是其他软件只要坐标那种。 我更改了一开始的键的类型,结构优化就正常啦! 谢谢

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发表于 Post on 2023-10-28 23:55:13 | 只看该作者 Only view this author
不要自己在标题里手写[求助]这种标签,http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了,以后注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-29 02:10:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-28 23:55
不要自己在标题里手写[求助]这种标签,http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你 ...

好的sob老师没看清楚,光看到要体现是求助的文字别产生歧义了... 下次明白了~

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发表于 Post on 2024-8-21 17:16:35 | 只看该作者 Only view this author
liu840397562 发表于 2023-10-28 19:58
你太强了哥! 我忘记检查这个了,MS键的类型是有影响的不是其他软件只要坐标那种。 我更改了一开始的键的 ...

请问packmol建模之后的文件导入ms中是如何批量将单键改为双键的?发现一堆键全变成单键了也改不回去

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发表于 Post on 2025-3-13 08:17:51 | 只看该作者 Only view this author
anananante 发表于 2024-8-21 17:16
请问packmol建模之后的文件导入ms中是如何批量将单键改为双键的?发现一堆键全变成单键了也改不回去

大佬您解决这个问题了嘛,我也遇到这个问题了

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发表于 Post on 2025-3-24 10:46:26 | 只看该作者 Only view this author
294459463 发表于 2025-3-13 08:17
大佬您解决这个问题了嘛,我也遇到这个问题了

现在不用这个方法了,可以上网搜一下autoff+moltemplate+packmol联用直接生成data文件的方法,需要ms的建模可以导出car文件之后用LUNAR包里面的all2lmp转data,或者用EMC的insight2lmp都可以直接生成data

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发表于 Post on 2025-3-25 11:17:54 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 294459463 于 2025-3-25 11:29 编辑
anananante 发表于 2025-3-24 10:46
现在不用这个方法了,可以上网搜一下autoff+moltemplate+packmol联用直接生成data文件的方法,需要ms的建 ...

好的谢谢大佬,我还有一个小的疑问哈。就是假设我有两种不同的分子,分别用autoff分配力场后导出了文件,然后使用packmol给这些分子打包建模,在这里我有一个问题想请教一下,就是这个新建立的盒子的pdb文件,然后后面我就不太清楚如何操作了,怎么把两个分子的it文件合在一起并且根据这个新的pdb文件进行修改呢?


像下面的只需要重新写一个system.lt,打包后用moltemplate运行一下就好了嘛?

202503251129227521..png (56.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

202503251129227521..png

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发表于 Post on 2025-3-28 14:55:53 | 只看该作者 Only view this author
294459463 发表于 2025-3-25 11:17
好的谢谢大佬,我还有一个小的疑问哈。就是假设我有两种不同的分子,分别用autoff分配力场后导出了文件, ...

https://www.bilibili.com/video/B ... 2a42fbaa018efb5b689
照着视频一步一步来就好啦,注意两边一定要对应好

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发表于 Post on 2025-4-1 11:51:47 | 只看该作者 Only view this author
anananante 发表于 2025-3-28 14:55
https://www.bilibili.com/video/BV1rPf7YgEWh/?spm_id_from=333.1391.0.0&vd_source=7387e992296ba2a42f ...

好的好的感谢您

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