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本帖最后由 pet 于 2023-10-30 13:18 编辑
有一个实验合作的文章,目的是证明相较于中性分子,采用带2个负电荷的分子进攻二维体系,更容易成共价键。反应体系没有金属原子。
所以我需要分别计算中性条件下二者的物理和化学吸附能,以及是否有过渡态,和阴离子条件下二者的物理和化学吸附能及过渡态。在计算时采取了两种策略,都遇到了各自的问题,也不确定哪种处理更合适。
1. 140个原子,用VASP计算,取 2 2 1 K点,看手册里说VASP计算离子体系不准,论坛里看到老师说要加抗衡离子,因为实验中用的阳离子比较大,引入两个阳离子会多106个原子,所以请问老师我用Na做抗衡离子这样处理可以嘛?
2. 切团簇补H之后166个原子,用ORCA PBEh-3c计算,物理吸附和化学吸附结构的优化大概耗时1天(24核)。然后试图找二者之间的过渡态,关键词如下,报错如图片所示,不知道这是什么原因导致的报错呢?
!PBEh-3c optTS freq nopop miniprint
%geom
Calc_Hess true
end
想请教老师们如下几个问题:
1. vasp和orca哪种处理方式更合理呢?
2. 如果用vasp,抗衡离子必须跟实验的保持一致吗?可否用Na代替?
3. 如果用orca,PBEh-3c处理该体系是否合适?过渡态报错是为啥呀? 在过渡态和频率计算时有更高效的处理方式吗?
4. 实验过程中是先用阴离子小分子进攻二位体系,但最后合成的材料肯定是中性的,理论上是否需要考虑从离子到中性的变化过程呢?
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