新手求助gromacs grompp能量最小化步骤出错

巴普洛夫的狗 · 发表于 Post on 2023-11-1 12:37:14

新手使用sobtop产生的idp、top、gro文件跑gromacs，在搭建盒子之后直接进行能量最小化的步骤
报错：The cut-off length is longer than half the shortest box vector or
longer than the smallest box diagonal element. Increase the box size or
decrease rlist.
搭建盒子尺寸改成了1000也报这样的错
求助该怎么办

Yaocy · 发表于 Post on 2023-11-1 14:30:10

你的gro文件末尾盒子信息那部分全是0.0，把这部分调到不太小的数值应该可以解决

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[GROMACS] 新手求助gromacs grompp能量最小化步骤出错

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