关于使用CP2K结合Multiwfn分析水界面上自由基的电子密度

秋心 · 发表于 Post on 2023-11-6 10:07:32

本帖最后由秋心于 2023-11-7 08:43 编辑

各位老师好，我想比较有机自由基吸附在水界面和气相电子密度的变化，从而探讨界面对于自由基分解是否有影响，气相自由基结构和界面相自由基（孤对电子在羰基碳上；自由基平铺在界面上）见图一和图二，一开始我的想法是分别作出界面相和气相该自由基的电子密度图，然后做对比。按照multiwfn手册第四节去做了气相的，得到图三的结果，我猜测问题出在multiwfn的输入文件是CP2K产生含有周期性的molden文件（附件1），而手册第四节的体系是孤立体系，所以步骤上有错误，所以我去寻找相关的博文，发现手册中第二节有专门处理周期性体系的步骤。另外，在这个过程中偶然发现“使用CP2K结合Multiwfn绘制密度差图、平面平均密度差曲线和电荷位移曲线”这个博文，其中的做法好像更符合我的目的，并且更直观。随后我便仔细去阅读了该博文，博文中提到“对于电子转移有比较明确方向的情况，可以绘制平面平均密度差曲线，由此可以清楚地考察垂直于选取的方向上每个截面上的密度差积分值，在定量讨论、对比上比较便利。”，结合自己的体系自由基是平铺在界面上的，我猜测如果有电子转移的话也应该是平行于界面方向上的，博文中计算密度差格点数据的具体步骤没有提到垂直和水平方向的区别，那我完全按照这个步骤来做应该就不会出现问题了（除了盒子大小）。我想请各位老师帮我看一下后面的思路是否存在问题？非常感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-7 06:51:45

没看见你的图和附件

秋心 · 发表于 Post on 2023-11-7 08:52:04

本帖最后由秋心于 2023-11-7 08:57 编辑

sobereva 发表于 2023-11-7 06:51
没看见你的图和附件

不好意思，sob老师贴图和附件我没弄正确，已经重新上传了。我已经按照上面的思路去做了一些尝试，得到了下面图一的结果，自由基分子确实发生了较为明显的电子密度转移，我还在分析这个结果是否准确可用。附件是计算时使用的inp文件。

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-7 11:01:32

秋心发表于 2023-11-7 08:52
不好意思，sob老师贴图和附件我没弄正确，已经重新上传了。我已经按照上面的思路去做了一些尝试，得到了 ...

如果你是用这三个inp文件产生的电子密度cube文件后用Multiwfn计算密度差，那没问题，可以说明问题

秋心 · 发表于 Post on 2023-11-7 15:03:06

sobereva 发表于 2023-11-7 11:01
如果你是用这三个inp文件产生的电子密度cube文件后用Multiwfn计算密度差，那没问题，可以说明问题

谢谢sob老师

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