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[GROMACS] 关于统计体系沿z轴数密度的问题

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大家好,最近在计算体系中某离子沿z轴的数密度,已经知道gmx density可以统计,但是想要统计离子质心沿z轴的数密度,这个命令需要加什么样的选择语句可以实现呢?或者有没有其他的方法,谢谢大家。

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发表于 Post on 2023-11-6 21:05:12 | 只看该作者 Only view this author
gmx density不知道怎么做,只要把z轴按照一个标准长度分成一段一段的,统计离子z坐标在每段范围内的个数不就好了

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发表于 Post on 2023-11-7 08:41:39 | 只看该作者 Only view this author
gmx density没法实现

自己写个VMD tcl脚本统计就完了,十来行的事

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)里我写的这个脚本并举一反三





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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-7 09:06:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-7 08:41
gmx density没法实现

自己写个VMD tcl脚本统计就完了,十来行的事

好的,谢谢老师,我尝试一下

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发表于 Post on 2023-11-9 15:31:13 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 qiyan 于 2023-11-9 15:54 编辑
sobereva 发表于 2023-11-7 08:41
gmx density没法实现

自己写个VMD tcl脚本统计就完了,十来行的事

老师,我想统计沿z轴方向某个原子的分布,如图这种,用第一种的tcl代码也可以实现嘛。或者可以先分组,然后用gmx density实现嘛

202311091529555893..png (184.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 30)

202311091529555893..png

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发表于 Post on 2023-11-9 17:04:01 | 只看该作者 Only view this author
qiyan 发表于 2023-11-9 15:31
老师,我想统计沿z轴方向某个原子的分布,如图这种,用第一种的tcl代码也可以实现嘛。或者可以先分组,然 ...

gmx density直接就能实现
涉及到质心才没法实现
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发表于 Post on 2023-11-9 17:56:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-9 17:04
gmx density直接就能实现
涉及到质心才没法实现

谢谢sob老师,请问老师,gmx density添加什么关键词可以改变z方向的统计间隔呢。就是让dz更小,就是我现在10A的盒子,间隔是0.5A统计一次,添加什么关键词可以变成0.1A统计一次呢

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发表于 Post on 2023-11-9 18:10:45 | 只看该作者 Only view this author
qiyan 发表于 2023-11-9 17:56
谢谢sob老师,请问老师,gmx density添加什么关键词可以改变z方向的统计间隔呢。就是让dz更小,就是我现 ...

这种问题运行gmx density -h看一下帮助便知
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发表于 Post on 2024-5-15 02:04:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-7 08:41
gmx density没法实现

自己写个VMD tcl脚本统计就完了,十来行的事

sober老师您好我在使用这个脚本的时候怎么区分原子种类呢,直接在atom前面加原子种类么

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发表于 Post on 2024-5-15 03:03:48 | 只看该作者 Only view this author
whutzty 发表于 2024-5-15 02:04
sober老师您好我在使用这个脚本的时候怎么区分原子种类呢,直接在atom前面加原子种类么

根据原子名区分,参考
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html

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发表于 Post on 2024-5-17 11:10:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-15 03:03
根据原子名区分,参考
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504(http://bbs.keinsci.c ...

已经搞懂了,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2025-8-26 20:24:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-7 08:41
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sob老师,我这里用gmx density统计分子数密度分布的时候,结果出现了z向数密度求和跟top文件里面的分子数不对应的问题,这是gmx density统计数密度本身的问题吗

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发表于 Post on 2025-8-27 08:05:09 | 只看该作者 Only view this author
方方方 发表于 2025-8-26 20:24
sob老师,我这里用gmx density统计分子数密度分布的时候,结果出现了z向数密度求和跟top文件里面的分 ...

密度直接求和毫无意义,只有和统计间隔相乘再加和才对应于对密度的积分,才是数目
而且由于梯形积分的数值误差,结果也注定不可能精确等于实际分子数
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发表于 Post on 2025-8-27 12:46:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-27 08:05
密度直接求和毫无意义,只有和统计间隔相乘再加和才对应于对密度的积分,才是数目
而且由于梯形积分的数 ...

好嘞sob老师,谢谢您

本版积分规则 Credits rule

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