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[GROMACS] 求助磷酸氢根动力学模拟空间四面体结构破坏

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在做溶液中磷酸氢根的动力学学模拟时,跑了100ns后,磷酸根开始的四面体结构破坏了(如下图),请问这正常吗?
使用的是amber94力场,磷酸根氢根的top文件参照http://sobereva.com/soft/Sobtop“例1:产生SF6的GROMACS的拓扑和gro文件:力常数全基于Hessian计算得到”

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发表于 Post on 2023-11-8 15:24:20 | 只看该作者 Only view this author
你的原子类型明明是GAFF的,和AMBER94有什么关系?

先说明100ns之前什么样。也可以试试把二面角项去掉看变成什么样
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-8 15:41:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-8 15:24
你的原子类型明明是GAFF的,和AMBER94有什么关系?

先说明100ns之前什么样。也可以试试把二面角项去掉看 ...

谢谢解答。
跑之前是正常的四面体结构,使用的Gaussian结构优化:#p B3LYP/6-311+G** opt freq scrf=SMD em=GD3BJ
体系中还有钙离子,聚丙烯酸链没有显示;



你的意思是把top文件中的【dihedrals】字段删除吗?

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发表于 Post on 2023-11-8 15:48:19 | 只看该作者 Only view this author
Joceeen 发表于 2023-11-8 15:41
谢谢解答。
跑之前是正常的四面体结构,使用的Gaussian结构优化:#p B3LYP/6-311+G** opt freq scrf=SMD ...

我问的是100ns之前MD的情况,不是问你0ns的时候

显然是
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-8 16:42:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-8 15:48
我问的是100ns之前MD的情况,不是问你0ns的时候

显然是

我逐帧检查了结构,在0.6ns时就出现了这种不合理的结构。

请问是尝试删除二面角项是吗?

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发表于 Post on 2023-11-9 06:01:59 | 只看该作者 Only view this author
Joceeen 发表于 2023-11-8 16:42
我逐帧检查了结构,在0.6ns时就出现了这种不合理的结构。

请问是尝试删除二面角项是吗?

是。如果之后还不行,加大键角力常数再试
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sobereva 发表于 2023-11-9 06:01
是。如果之后还不行,加大键角力常数再试

sob你好,删除二面角后md100n后,仍然出现不合理结构。下面想尝试下增大键角力常数。
请问是增大这一列的数值吗?增大多少合适呢?

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发表于 Post on 2023-11-17 01:02:16 | 只看该作者 Only view this author
Joceeen 发表于 2023-11-16 08:40
sob你好,删除二面角后md100n后,仍然出现不合理结构。下面想尝试下增大键角力常数。
请问是增大这一列 ...

一次增大20%,反复尝试
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-22 07:43:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-17 01:02
一次增大20%,反复尝试

反馈:将键角力常数提高50%后,结构正常。
谢谢sob老师

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