求助：非标准残基跑pdb2gmx报错

znjnancy · 发表于 Post on 2023-11-8 18:37:59

各位老师，我跑一个小肽的分子动力学，pdb code ：1LCM, 这个小肽共7个氨基酸，其中有5个是非标准残基，我将整个小肽作为一个非标准残基来看待。前期已经创建了拓扑结构，以下是报错信息：

提示我 atom 1

receptor-1LCM_rightconnect_exchange.pdb (12.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

找不到，可是我仔细检查了结构文件pdb和力场文件rtp，都没有发现这个atom 1 在哪里。

znjnancy · 发表于 Post on 2023-11-8 18:40:45

我输入的指令是 gmx pdb2gmx -f pdb文件 -missing ，选择的是AMBER99SB-ILDN力场和TIP3P水模型。

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2023-11-8 21:07:25

你的PDB包含多个残基，rtp中MOL的原子也与PDB对应，但是rtp是以残基为单位的，一个MOL中不能定义多个残基，所以应该在MOL只写一个残基的信息

znjnancy · 发表于 Post on 2023-11-8 22:56:05

Frozen-Penguin 发表于 2023-11-8 21:07
你的PDB包含多个残基，rtp中MOL的原子也与PDB对应，但是rtp是以残基为单位的，一个MOL中不能定义多个残基， ...

我把pdb中七个残基的编号都改成1，即当作同一个残基看待，也是一样的报错呢。你的建议是分别为五个非标准残基构建拓扑结构吗，即每个非标准残基作为一个新的氨基酸？

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2023-11-9 14:14:29

znjnancy 发表于 2023-11-8 22:56
我把pdb中七个残基的编号都改成1，即当作同一个残基看待，也是一样的报错呢。你的建议是分别为五个非标准 ...

报错的原因是你的PDB数据所在的列数不对，所以程序没有正确读取到正确的原子名称
可以参考这个页面修改：https://www.cgl.ucsf.edu/chimera ... rials/pdbintro.html
可以将这个分子当成一个残基处理。

znjnancy · 发表于 Post on 2023-11-30 22:03:25

问题解决了，原来是我pdb格式不正确，pdb的格式是由严格要求的，该对齐要对其，该空格要空格。

znjnancy · 发表于 Post on 2023-12-6 17:26:08

感谢各位的指导，整了两个月，终于成功通过pdb2gmx生成拓扑结构了，但是我发现检查conf.gro结构文件，发现有些键的连接是明显错误的，请问这种情况要如何解决呢？我要怎么去修改错误的连接位置呢？有的是与氢原子错误成键，有的是几个原子太近直接粘一块了

znjnancy · 发表于 Post on 2023-12-6 19:05:06

已找到解决方案，原来是hdb文件的坐标有些问题，改到对的坐标就行了

znjnancy · 发表于 Post on 2024-3-13 09:38:18

znjnancy 发表于 2023-12-6 17:26
感谢各位的指导，整了两个月，终于成功通过pdb2gmx生成拓扑结构了，但是我发现检查conf.gro结构文件，发现 ...

找到问题所在了，出现这个键连接错误，主要是因为非标准残基的topol结构误删了一些与相邻残基的二面角和键角导致的，需要重新生成tuopol文件，并对键角和二面角的参数进行仔细的检查，把相邻的连接残基留下

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