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[GROMACS] 求助gromacs做蛋白和MOF片的md,材料跑到盒子外面,材料也有挤压的现象

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楼主
求助:做的体系是蛋白和MOF片,蛋白和MOF片相距1nm左右,前期能量最小化(em.mdp)和限制性动力学(pr.mdp)看结构文件都是合适,跑MD之后看轨迹不是很好,材料跑车盒子外面,材料也有挤压的现象,不知道哪里出现问题,求助各位大佬的帮助!


下面是三个mdp文件,希望各位大佬帮忙看看


5fd1648728662df7c6f56301202ca8b.jpg (111.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

跑之前的结构

跑之前的结构

e3fc822ace8a555cffdfce876288770.png (96.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

跑之后的结构1

跑之后的结构1

9b43dea58f9dab00738b8927375442e.png (907.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

跑之后的结构2

跑之后的结构2

em.mdp

412 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 7

md.mdp

691 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 7

pr.mdp

679 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 7

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发表于 Post on 2023-11-9 18:23:50 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “求助gromacs md求助” 改了,以后务必注意!
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2023-11-9 18:27:29 | 只看该作者 Only view this author
这种问题光提供mdp没用,问题几乎一定是拓扑文件及其里面的参数问题,仔细检查合理性。并且在跑MOF+蛋白质+水之前先把MOF+水的这种简单体系跑成功了再说

另外,MOF就那么一薄片,整体结构本来可能就难以维持。可以加上限制势强行维持形态,此时MOF内的成键相关参数是否合理就无所谓了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-9 20:27:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-9 18:23
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题清楚、准确反 ...

好的,谢谢老师,我下次会注意,你写的更能让大家看到

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-9 20:29:08 | 只看该作者 Only view this author

求助gromacs做蛋白和MOF片的md,材料跑到盒子外面,材料也有挤压的现象

本帖最后由 hanlu 于 2023-11-9 20:38 编辑
sobereva 发表于 2023-11-9 18:27
这种问题光提供mdp没用,问题几乎一定是拓扑文件及其里面的参数问题,仔细检查合理性。并且在跑MOF+蛋白质+ ...

谢谢老师,我材料跑MD是可以的,提前跑过的,那老师能看一下我材料的文件和拓扑文件,麻烦老师了

文件.rar

576.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 41

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-10 08:55:29 | 只看该作者 Only view this author
hanlu 发表于 2023-11-9 20:29
谢谢老师,我材料跑MD是可以的,提前跑过的,那老师能看一下我材料的文件和拓扑文件,麻烦老师了

谢谢老师!

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