求助：做出的RDF与SDF图以及实验数据不一致

马天湉 · 发表于 Post on 2023-11-9 08:33:00

我做了0.05mol离子液体和0.95mol的dmso动力学模拟，做了阳离子上H00位点和阴离子上的o05位点的RDF,以及阳离子上H00位点和dmso上的o09位点的RDF，发现阳离子上H00位点周围还是阴离子O05分布的多。但是做sdf分析时发现阴阳离子被dmso隔开了为什么rdf会对不上？实验结果应该是加入0.9molDMSO时，阴阳离子就被DMSO分开了，请问我还应该从哪些方面分析呢?

马天湉 · 发表于 Post on 2023-11-9 08:35:30

这是我做的RDF图、SDF图（红色是dmso，绿色是阴离子）以及位点

moni0823 · 发表于 Post on 2024-5-7 10:01:18

马天湉发表于 2023-11-9 08:35
这是我做的RDF图、SDF图（红色是dmso，绿色是阴离子）以及位点

你好，像图中的空间分布函数，想问一下你是如何确定自己的isovalue的？

喵喵喵喵？ · 发表于 Post on 2024-5-22 19:33:58

你好，请问绿色等值面的isovalue值和红色的必须一样吗?

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[GROMACS] 求助：做出的RDF与SDF图以及实验数据不一致