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[Molclus] 分子大约五十个原子,如何利用molclus产生二聚体初始构型呢?

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利用genmer结合molclus可以吗?

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发表于 Post on 2023-11-9 17:26:30 | 只看该作者 Only view this author
按下文直接产生就完了
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

倘若你担心genmer产生的初始结构对单分子构象采样考虑不充分,基于动力学方式产生traj.xyz,参考里面的例子
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-9 18:33:13 | 只看该作者 Only view this author
谢谢老师,那我利用genmer生成二聚体初始构型时多少个比较合适呢?尽量可以防止漏掉极小点构型。需要把单分子的所有构型都产生一批二聚体吗?

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发表于 Post on 2023-11-9 18:52:39 | 只看该作者 Only view this author
另外注意质子化状态问题,视溶剂以及聚集体构型而定,羧基上的质子很可能会转移到氮原子上,但也未必所有氮原子都会被质子化
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-9 19:10:16 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-11-9 18:52
另外注意质子化状态问题,视溶剂以及聚集体构型而定,羧基上的质子很可能会转移到氮原子上,但也未必所有氮 ...

谢谢老师,那我利用genmer生成二聚体初始构型时多少个比较合适呢?尽量可以防止漏掉极小点构型。需要把单分子的所有构型都产生一批二聚体吗?

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