npt后改用P-R压浴进行md模拟，盒子剧烈振动，如何解决

Jus · 发表于 Post on 2023-11-10 16:41:15

本帖最后由 Jus 于 2023-11-11 22:04 编辑

使用gromacs进行充分的npt预平衡后，改用 parrinello-rahman压浴进行md模拟，体系盒子不停地剧烈缩放振动，不知如何解决，请求各位大佬的指点(已解决)
Tcoupl = V-rescale
tau_t = 2.0
tc_grps = system
ref_t = 298.15
;
Pcoupl = parrinello-rahman
pcoupltype = semiisotropic
tau_p = 4.0
ref_p = 0 1.01325
compressibility = 0 4.5e-5

wanzongliang · 发表于 Post on 2023-11-10 17:18:29

有可能是之前的equilibrium没有真正平衡，或者你可以改变压浴试试

Jus · 发表于 Post on 2023-11-10 19:26:19

本帖最后由 Jus 于 2023-11-11 22:04 编辑

wanzongliang 发表于 2023-11-10 17:18
有可能是之前的equilibrium没有真正平衡，或者你可以改变压浴试试

感谢你的回答。
已经跑了10ns，文本文件里说没平衡，后面续跑到13ns了，还是这样，所以我想可能不是没跑平衡的事

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-13 21:43:19

用c-rescale压浴

science_6 · 发表于 Post on 2025-3-25 08:58:43

Jus 发表于 2023-11-10 19:26
感谢你的回答。
已经跑了10ns，文本文件里说没平衡，后面续跑到13ns了，还是这样，所以我想可能不是没跑 ...

你好，请问一下怎么看预平衡(也就是eq)怎么查看体系有没有达到平衡？

student0618 · 发表于 Post on 2025-3-25 09:05:43

science_6 发表于 2025-3-25 08:58
你好，请问一下怎么看预平衡(也就是eq)怎么查看体系有没有达到平衡？

http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html

science_6 · 发表于 Post on 2025-3-25 14:01:22

student0618 发表于 2025-3-25 09:05
http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html

谢谢你，就是我想知道平衡相怎么样才能达到平衡

Lance先生 · 发表于 Post on 2025-3-25 14:43:28

science_6 发表于 2025-3-25 14:01
谢谢你，就是我想知道平衡相怎么样才能达到平衡

体系的总能，或者势能提取出来，画模拟时长与总能或者势能变化的图，能量波动上下平稳的话就是平衡了，社长专门写过一个帖子，你可以搜一下。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] npt后改用P-R压浴进行md模拟，盒子剧烈振动，如何解决

评分 Rate

浏览过的版块