计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1778|回复 Reply: 5
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 分子动力学模拟方法和软件求助

[复制链接 Copy URL]

286

帖子

0

威望

1142

eV
积分
1428

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
最近有个体系想看下分子的运动过程,用高斯结构优化看到了优化过程中的分子运动,打算找个MD看看,试了AIMD要么跑不动要么观察不到分子的运动了,整个体系基本没有啥变化。像Forcite这种分子数又太多,观察不到个别分子的运动状态。所以想有没有什么类似AIMD但是运算速度很快的动力学模拟方法和软件,希望大家能帮忙推荐推荐,在此谢过!

401

帖子

0

威望

2553

eV
积分
2954

Level 5 (御坂)

所念皆星河

2#
发表于 Post on 2023-11-11 12:36:56 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 含光君 于 2023-11-11 20:39 编辑

首先结构优化并不能称之为分子的“运动”,opt过程没有时间和速度信息在里边。

据你描述,你想模拟一个大体系但要观察到个别分子的运动。但具体多大以及许多其他细节应该在问题中交代清楚,有些过大的体系本来AIMD就算不动。
比如:
试了AIMD要么跑不动要么观察不到分子的运动了

你跑了多久AIMD,观察不到分子运动?
Forcite这种分子数又太多,观察不到个别分子的运动状态

这样的问题也完全不存在,观察轨迹时调节显示内容就好了。
所以想有没有什么类似AIMD但是运算速度很快的动力学模拟方法和软件

如果你只是跑着玩,用不着追求很高精度。在cp2k用xtb跑一个就足够,或是gmx或lammps跑经典MD也可。

心之所向,日复一日,必有精进

140

帖子

0

威望

1375

eV
积分
1515

Level 5 (御坂)

3#
发表于 Post on 2023-11-11 12:53:23 | 只看该作者 Only view this author
如果是孤立体系,仅仅是观察分子相对运动,直接用xtb跑跑就行

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2023-11-13 21:46:00 | 只看该作者 Only view this author
先说清楚是什么分子
简单的有机分子直接在Chem3D里跑动力学就完了,<15秒钟就设置好,动画直接可视化,再简单不过
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

286

帖子

0

威望

1142

eV
积分
1428

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-16 10:04:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-13 21:46
先说清楚是什么分子
简单的有机分子直接在Chem3D里跑动力学就完了,

高分子加有机分子可以吗?600个原子左右

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2023-11-17 01:03:05 | 只看该作者 Only view this author
lei234 发表于 2023-11-16 10:04
高分子加有机分子可以吗?600个原子左右

如果你就跑很短的时间,那还凑合。长时间的话Chem3D效率太低,可以用xtb在GFN-FF级别下跑
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 06:39 , Processed in 0.302706 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list