求助IGMH分析之后打开vmd等值面叠加之后变成黑色

banxia · 发表于 Post on 2023-11-11 11:25:04

老师们好，我用IGMH方法对一个分子可能存在相互作用的两部分分别进行了分析，这两部分相互作用的区域所选取的片段都是2个，原子序号也不重叠。分别生成对应的cub文件之后，我拖到vmd目录下，先用IGM_inter.vmd载入了第一部分，可视化之后等值面显示绿色，是我想要的。紧接着载入第二部分的IGM_inter1.vmd，此时可视化之后我这两块的等值面都变成了黑色，我不懂这是哪里出错了，还请各位老师解答。

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-12 03:56:27

如果你要同时显示A和B片段之间，以及C和D片段之间的相互作用能，Multiwfn的IGMH功能里输入序号的时候把片段1设为A+C，片段2设为B+D即可，不需要绘制两次（这里假定A和D之间、C和B之间没有明显相互作用而导致等值面出现）。
如果非得在VMD里绘制两次，需要自己改脚本，或者在VMD图形界面里手动载入和设置作图方式。Multiwfn自带的IGM_inter.vmd不考虑使用两次的情况

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[波函数分析求助] 求助IGMH分析之后打开vmd等值面叠加之后变成黑色