ORCA跑一个硅氧低聚物的几何优化跑着跑着就停止了，但不报错，非常头疼

docshen777 · 发表于 Post on 2023-11-21 08:41:26

用ORCA跑一个硅氧低聚物的几何优化，30个原子，总是跑着跑着就自动停了，所有的临时文件都不再更新，out文件也停止更新了，但是程序不报错，还在运行。
使用的是WSL2 ubuntu 22.04，ORCA 5.0.4，输入文件如下：

! B3LYP D3 def2-TZVP def2/J RIJCOSX opt freq strongSCF noautostart miniprint nopop
%maxcore 3000
%pal nprocs 8 end
! CPCM(Water)
%geom maxiter 500 end
* xyz 0 1
O 15.549000 12.354000 12.681000
H 16.052000 12.369000 13.531000
Si 10.408000 14.569000 13.741000
Si 11.478000 12.178000 11.710000
O 10.949000 13.378000 12.723000
Si 7.169000 14.002000 14.111000
O 8.780000 14.370000 13.978000
Si 15.338000 9.601000 9.512000
O 15.167000 11.012000 10.366000
Si 14.751000 12.359000 11.237000
O 11.196000 14.459000 15.187000
O 11.141000 10.705000 12.373000
O 10.723000 12.313000 10.250000
O 10.694000 16.046000 13.064000
O 6.928000 12.435000 13.653000
O 6.294000 15.004000 13.134000
O 6.689000 14.199000 15.678000
O 15.147000 13.716000 10.386000
O 14.106000 8.575000 9.901000
O 16.783001 8.902000 9.896000
O 15.294000 9.931000 7.896000
O 13.116000 12.330000 11.506000
H 10.826000 9.787000 12.556000
H 10.170000 12.544000 9.465000
H 10.822000 16.954000 12.695000
H 6.608000 11.514000 13.494000
H 5.790000 15.596000 12.525000
H 6.515000 14.271000 16.646999
H 15.361000 14.576000 9.949000
H 13.537000 7.826000 10.203000
H 17.624001 8.655000 10.351000
H 15.280000 10.147000 6.932000
H 11.752000 14.323000 15.992000
*

但是输出的opt文件到这里就停止了。不知道是为什么。。。太痛苦了，请问大神如何解决。。

Reading SHARK input file 5A.SHARKINP.tmp ... ok
----------------------
SHARK INTEGRAL PACKAGE
----------------------

Number of atoms                            ...    33
Number of basis functions                ... 753
Number of shells                         ... 289
Maximum angular momentum                   ...    3
Integral batch strategy                   ... SHARK/LIBINT Hybrid
RI-J (if used) integral strategy          ... SPLIT-RIJ (Revised 2003 algorithm where possible)
Printlevel                               ...    1
Contraction scheme used                   ... SEGMENTED contraction
Coulomb Range Separation                   ... NOT USED
Exchange Range Separation                ... NOT USED
Finite Nucleus Model                      ... NOT USED
Auxiliary Coulomb fitting basis          ... AVAILABLE
# of basis functions in Aux-J          ... 1171
# of shells in Aux-J                   ... 385
Maximum angular momentum in Aux-J       ...    4
Auxiliary J/K fitting basis                ... NOT available
Auxiliary Correlation fitting basis       ... NOT available
Auxiliary 'external' fitting basis       ... NOT available
Integral threshold                         ...    1.000000e-10
Primitive cut-off                         ...    3.000000e-11
Primitive pair pre-selection threshold    ...    3.000000e-11

Calculating pre-screening integrals       ... done (  0.1 sec) Dimension = 289
Organizing shell pair data                ... done (  0.4 sec)
Shell pair information
Total number of shell pairs                ...    41905
Shell pairs after pre-screening          ...    22309
Total number of primitive shell pairs    ... 139696
Primitive shell pairs kept                ...    46487
      la=0 lb=0: 5004 shell pairs
      la=1 lb=0: 6602 shell pairs
      la=1 lb=1: 2238 shell pairs
      la=2 lb=0: 2971 shell pairs
      la=2 lb=1: 2034 shell pairs
      la=2 lb=2: 486 shell pairs
      la=3 lb=0: 1448 shell pairs
      la=3 lb=1: 981 shell pairs
      la=3 lb=2: 431 shell pairs
      la=3 lb=3: 114 shell pairs

Calculating one electron integrals       ... done (  0.1 sec)
Calculating RI/J V-Matrix + Cholesky decomp.... done (  0.2 sec)
Calculating Nuclear repulsion             ... done (  0.0 sec) ENN= 2840.536745959604 Eh

SHARK setup successfully completed in 1.3 seconds

Maximum memory used throughout the entire GTOINT-calculation: 39.0 MB

zjxitcc · 发表于 Post on 2023-11-21 08:58:06

那当然是尝试增加每核内存啦

KSeGaSn · 发表于 Post on 2023-11-21 09:28:26

加内存删关键词并排除偶然bug（再提交一两回看看是否依然如此）尝试一下看看？

docshen777 · 发表于 Post on 2023-11-21 09:36:52

zjxitcc 发表于 2023-11-21 08:58
那当然是尝试增加每核内存啦

谢谢您的回复！我最早是用每核15000MB，但是会发生这样的事，我认为是不是给得太多超过总内存了（实际上机子有512GB）。所以改成了3000MB，但还是会发生这个问题。不知道该咋办，一个程序总是断断续续跑好几次

docshen777 · 发表于 Post on 2023-11-21 09:39:45

本帖最后由 docshen777 于 2023-11-21 09:42 编辑

KSeGaSn 发表于 2023-11-21 09:28
加内存删关键词并排除偶然bug（再提交一两回看看是否依然如此）尝试一下看看？

谢谢您的回复！一开始给的30000每核和15000每核的内存，都试过，也会发生这种情况，所以给改成3000了；请问，删关键词是什么意思，第一排的关键词哪些是可以删的呢？已经持续了两天了，我感觉就是一个6小时左右的程序，我现在2天了都没有跑完，一直中断

ahxb · 发表于 Post on 2023-11-21 09:43:14

有这么好的机子就别装WSL凑合跑了

docshen777 · 发表于 Post on 2023-11-21 11:46:16

ahxb 发表于 2023-11-21 09:43
有这么好的机子就别装WSL凑合跑了

WSL也会存在稳定性差的问题吗？因为是组里的工作站，平时有人在用别的，只能装上windows系统

ahxb · 发表于 Post on 2023-11-21 13:19:16

docshen777 发表于 2023-11-21 11:46
WSL也会存在稳定性差的问题吗？因为是组里的工作站，平时有人在用别的，只能装上windows系统

毕竟WSL2不是安装在物理机上的系统。我偶尔也会遇到这种情况，部分原因是WSL2跨文件系统读写速度很慢，扔/mnt之外的目录跑即可。你也可以检查OpenMPI版本与编译情况，wsl与物理机Windows系统内存使用情况等。

docshen777 · 发表于 Post on 2023-11-21 17:48:09

ahxb 发表于 2023-11-21 13:19
毕竟WSL2不是安装在物理机上的系统。我偶尔也会遇到这种情况，部分原因是WSL2跨文件系统读写速度很慢，扔 ...

明白了，我看看能不能装上物理机上的linux。谢谢你的指导！

啊不错的飞过海 · 发表于 Post on 2023-11-21 20:09:25

Windows跑ORCA的话也可以考虑ORCA Windows版，官方论坛上可下，基于Microsoft MPI运行，能跑。多人使用的机子装双系统什么的还是有一点工程量的。

docshen777 · 发表于 Post on 2023-11-21 21:14:56

啊不错的飞过海发表于 2023-11-21 20:09
Windows跑ORCA的话也可以考虑ORCA Windows版，官方论坛上可下，基于Microsoft MPI运行，能跑。多人使用的机 ...

听说win版的更不稳定，我打算明天先换个orca的版本试试，我怀疑是不是最新版的bug

啊不错的飞过海 · 发表于 Post on 2023-11-21 21:30:43

docshen777 发表于 2023-11-21 21:14
听说win版的更不稳定，我打算明天先换个orca的版本试试，我怀疑是不是最新版的bug

我个人用起来暂没碰到过故障，可以跑些需要申虚拟内存的振动分析之类任务，不过我Win版也用得不多就是。

docshen777 · 发表于 Post on 2023-11-23 07:49:56

啊不错的飞过海发表于 2023-11-21 21:30
我个人用起来暂没碰到过故障，可以跑些需要申虚拟内存的振动分析之类任务，不过我Win版也用得不多就是。

老师好，我最后还是换win版了，win版非常正常，谢谢

PoorChaos · 发表于 Post on 2023-11-23 09:41:00

基组用TZVP没必要,换低一点的试试

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[ORCA] ORCA跑一个硅氧低聚物的几何优化跑着跑着就停止了，但不报错，非常头疼